果树病害流行必须具备三大要素：①致病力强的病原物；②大量的感病寄主；③适宜发病的环境条件。引起果树发病五大类病原物主要是真菌、细菌、病毒、线虫、寄生性种子植物等，在果园中，引起果树传染性病害发生的主要病原是真菌。
在果园中，真菌潜伏在不同场所渡过休眠期。春天气温不断回升，为真菌的繁殖提供了适宜的温度条件，但不具备必要的湿度条件。一旦遇雨，真菌在较短时间内繁殖出大量的后代，在果园肆意逞凶，侵害果树的枝叶花果。
现行的防治方法大多数立足于秋冬或早春清扫落叶，摘除僵果，刮树皮等集中烧毁或深埋，春季喷布石硫合剂，生长期摘除病叶病果病梢等清园，通过铲除越冬越夏的菌源，降低发病指数，减轻病害的发生。病害的发生与树体的抗性密切相关，这既与品种有关，也与树势有关。树体的抗性强，则病菌的致病力就弱.我们首先可以因地制宜，加强土肥水管理，如重施有机肥，增施生物肥，配合适量化肥，辅助水分管理，果园行间覆草或生草等，提高土壤肥力和肥料的利用率——壮根。其次，通过合理的整形修剪，保持果园通风透光，提高树体的光合效能——健叶，培养健壮的树势。另外，适时疏花疏果，合理负载——减负，通过增强树势，提高树体的抗病能力，减轻病害的发生。在病菌侵染前，还可以通过果实套袋预防病菌的侵染和发生。
防治病害，清园消灭菌源十分关键，提高树体抗性是基础，其次是早期预防工作。使用保护性杀菌剂，它的原理就是用水稀释药剂，并均匀地喷雾到作物的表面，从而形成一层致密的药膜，这个药膜透气透光也透水，但能有效杀死接触到它的病菌，达到保护作物不受病菌危害之目的。这类杀菌剂如普德金、喷富露、保加新、大大生富、波尔多液等。几乎所有保护性杀菌剂的持效期为7-10天，最长也不过20多天（如波尔多液），所以要定期喷药保护，防止病菌乘机入侵。对于已经染病的果树，我们可以选用治疗性杀菌剂，通过其内吸传导作用杀死已经入侵的病菌，控制病斑的扩展和蔓延。这类杀菌剂如纳米欣、金力士、甲基托布津、剑力通等。但此类杀菌剂的持效期一般5～7天，最长不过10天左右。一旦出现病斑，往往需要连续防治2～3次。众所周知，苹果的早期落叶病、炭疽病和轮纹病，梨的黑星病，葡萄的霜霉病等春季以传播、侵染寄主为主，然后在寄主的果实或叶片或主干内等处潜伏下来，中后期才发病显现病状。目前果园发生的绝大多数侵染性病害，如果前期侵染成功，中后期还会重复侵染，即多病程病害。早期预防不及时，势必会给后期防治带来困难。由此可见，苹果、梨、葡萄等果树花后到幼果期重点使用保护性杀菌剂定期预防，进入6月份适当喷布内吸作用的治疗性杀菌剂追杀已经侵入的病菌。夏秋季多雨时，则需要继续喷布保护性杀菌剂防止病菌的再次入侵。出现病情，还可使用治疗性杀菌剂予以治疗。必要时两者交替使用，或选用保护兼治疗的杀菌剂，可以充分发挥防治效果。保护兼治疗的杀菌剂多为保护性杀菌剂和治疗性杀菌剂的复配药剂，如鸽哈、杀毒矾、克露等。值得一提的是，近年来北方果农在果树病害化学防治的过程中，添加优质叶面肥，药肥双效，不但大大减轻病情，而且降低了成本。
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