在种植感病品种的前提下，秆锈病流行与否及流行程度与小麦抽穗期前后的气候条件及菌源量有密切关系。一船来说，小麦抽穗期的气温可满足秆锈菌夏孢子萌发和侵染的要求，决定病害是否流行的主要因素是湿度条件。但在长江、淮河流域地区，常年4—5月降雨较多，所以湿度并非病害流行的限制因素，病害流行受温度的影响较大，通常4月中下旬的平均气温上升到16℃以上，同时，外来菌源量大，来得早，病害就可能流行。
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