生物农药虽然对人的毒性较低，但其对环境的危害也不容忽视。
在一般意义上，人们普遍认为生物农药对环境和生态是安全的，其实不然，生物农药只是较其他农药种类稍微安全一些而已。
人类使用农药是从生物农药向化学农药发展的。人们对天然产物的直接利用可追溯到公元前7～5世纪，三大植物杀虫剂（除虫菊、鱼藤、烟草）也已被应用数百年了。20世纪40年代，化学农药效果明显的优势使得天然物质的农药开发利用处于低潮。但是，由于化学农药的高毒性，再加之人们对环境保护意识的不断增强，到了20世纪70年代，人们对生物农药再度发生兴趣，从而使生物农药再次焕发生机。虽然生物农药有着同环境的相容性比较好、对人类的毒性比较低等优点，但也不可忽视其对生物的危害性。如使用雷公藤、烟草碱制成的生物农药对鸟类、蜜蜂、蚕的毒性都比较高，有些生物农药的毒性甚至比化学农药还要高。因此，全面评价环境安全，就必须注意到生物农药的使用问题。如果不注意此问题，不但会造成生态环境严重失衡，而且最终对人类的危害也是在所难免的。因此说，生物农药也不等于就是安全农药。所以，发展生物农药也要有个兴利除弊的问题。
发展生物农药，在生产上要力求高效、安全、廉价。另外，还要加强管理，如果管理不好照样会出问题。目前，我们的管理水平还不很高，使用者农民的文化素质还有待提高，特别是让广大农民都了解生物农药的不安全性方面还有大量的工作要做。同时，要使生物农药更安全可靠，研发部门、生产企业还有大量的工作需要做。
当前在国际上生物农药的使用量还很小，在国内也是如此。化学农药在相当长的历史时期内还将处于主导地位。不过，由于使用生物农药对农作物的毒性小，降低了对人们的直接危害，因此，生物农药的发展前景还是很乐观的。可越是如此，我们越要注意到它对一些生物的危害，以免造成意想不到的后果，给发展此项事业和环境保护带来负面影响。
