厚朴的病害是叶枯病、根腐病、立枯病和煤污病；虫害是褐天牛，应注意防治。
1、厚朴立枯病
立枯病病原有非侵染性和侵染性两类。非侵染性发病主要是因为圃地积水、土壤板结、覆土过厚及以烈日曝晒等引起，使种芽腐烂，苗根窒息腐烂或日灼性猝倒。侵染性发病主要是病菌所致。病菌在土壤中越冬，早春播冻后就开始活动，在土壤温湿度适宜的情况下，侵染幼苗；另一方面病苗又为病菌提供养分，使其大量繁殖，从而继续传染。早涝霜冻土壤粘重、排水不良的圃地或在幼苗出土后2个月内连续下雨、土壤含水量太大或土温过高时发病均重。此外，前茬种棉花、马铃署、花生、番茄、大豆、瓜类的园地或老苗圃地做苗床时易于发病；使用没有充分发酵的堆肥、厩肥，施用过量的氮肥，种子处理不当或采用遮阴育苗措施等亦易引起病害。立枯病的症状，有4种类型：第一种腐烂型，主要发生在幼苗尚未出土时，种子或幼芽产生腐烂现象；第二种梢腐型，发生在幼苗出土后茎梢腐烂，幼苗死亡；第三种猝倒型，发生在幼苗出土后1个月左右，在接近地面的苗茎基部腐烂变成褐色，使苗木倒状；第四种根腐型，发病时苗木根部腐烂、枝茎生暗黑斑纹，继而全株枯死。立枯病常发生于苗期，并多发生在梅雨季节。苗木发病后蔓延迅速，常造成成片死亡。
其防治方法主要是提高育苗技术，把好“三关”，即“土壤关、种子关、水肥关”。
“土壤关”就是要选好苗圃地，不用过于阴湿地作苗圃地，圃地应设置良好的排水体系，防止积水，并做好苗圃地的土壤消毒工作。土壤消毒，每平方米可用1%～3%硫酸严铁液4.5千克喷洒或撒施11克～15克硫酸亚铁粉末后翻土;也可用福尔马林50毫升加水6千克～12千克浇灌浇完后用草袋覆盖10天。
“种子关”就是要在做好选种、种子消毒、催芽等工作的基础上适时、适量进行播种。
“水肥关”就是在苗木生长过程中要做好合理的灌溉和施肥工作，防止旱涝发生，促使幼苗健壮生长。
在防治病害时可采用化学药剂预防，常用1：1：100的波尔多液（即由1份硫酸铜、1份生石灰加100份水配制而成），每平方米用药液112克，在苗木出土后，每隔10天左右喷洒1次，连续4次～5次，对立枯病的防治效果显著。化学药剂防治是一项重要的防治措施，但绝不可代替一系列的培育壮苗的技术措施。发现病株后，应立即将病株拔掉并烧毁，同时挖出带病菌的土，回填新土。每平方米用1.5克70%五氯硝基苯拌土37.5克撒到带病菌的地上或撒生石灰消毒，以防止蔓延。同时要多施钾肥如草木灰类增强苗木抗病能力。用50%托布津1000倍～1500倍液或50%多菌灵1000倍～1500倍液浇灌病株根部；也可用福尔马林进行土壤消毒；还可用浓度为2%～3%的硫酸亚铁（青矾）药液进行喷洒，过10分钟至30分钟后再喷１次清水，洗掉叶面上的药液，以免发生药害。
2、厚朴叶枯病
耕地过浅，幼苗木、林木根系生长发育不良，土壤贫瘠且保水、保肥力差，基肥不足，天气干旱以及苗、林生长过密等不利于苗木生长发育的环境条件均可导致厚朴叶枯病的发生。发病初期叶片病呈黑褐色，圆形，直径0.2厘米～0.5厘米以后逐渐扩大布满全叶导致叶片干枯而死。病菌在土壤中越冬，翌年借风雨传播。一般在7月开始发病，8月至9月为发病盛期，10月以后病害逐渐停止蔓延。高温、高湿最有利于病菌的侵染。
病害的防治应注重于改善环境条件和采取适当的育苗措施，以促进幼苗旺盛生长，增强其抗病能力；同时辅以化学药剂防治，以减轻或抑制病害的发生。具体措施如冬季清除病叶，集中烧毁或深埋以减少病菌的来源；发病后及时摘除病叶；每隔7天～10天喷1次1：1：100波尔多液或50%退菌特800倍液，连续喷洒2次～3次等。
3、厚朴苗木根腐病
发病时间：苗木根腐病主要危害苗期，病源菌为尖孢镰菌，6月下旬开始发病，7～8月为发病盛期施。
防治措施：主要有选好圃地，选择排水良好，地下水位低，向阳的地段种植，其次精耕细作，在作苗床前，每公顷用敌克松原粉，拌适量细土，均匀撒入圃地表土层中，进行土壤消毒，最后加强管理，发现病株马上拔除集中烧毁，根据病情，喷洒65％敌克松与黄心土拌匀后撒在苗木根茎部，50％多菌灵500倍液灌入病株附近苗木根部，可以控制病害蔓延。
4、厚朴煤污病
发病时间：由真菌中的一种子囊菌引起。多发生在海拔300米以下通风不良的阴坡林地。当日平均气温在13°(10°～22°)，并有雾露，厚朴煤污病就会迅速蔓延发生。是厚朴林内的最主要病害之一，各厚朴产区均有发生。发病时厚朴树干和叶面有一层煤烟状物，叶片脱落，生长衰弱。
防治措施：主要有营林措施和病虫害化学防治相结合，首先要防治厚朴新丽斑蚜、日本壶链蚧，控制诱发煤污病发生的虫源，其次要控制林分密度，使林地通风透气。发生期喷1：1：120波尔多液，每隔10～14天喷1次。连续2～3次。
5、厚朴褐天牛
幼虫危害植株茎干
防治方法：成虫盛发期（5—7月），在裂口处刮除卵粒及初孵幼虫；幼虫蛀入木质部后，见树干上有新鲜蛀孔，即用钢丝钩杀；或用药棉浸80%敌敌畏原液塞入蛀孔，用泥封口，毒杀幼虫。
