西芹秋冬季病害有斑枯病、菌核病、病毒病、软腐病等；生理性障碍病有空心、茎裂等；前期害虫主要是蚜虫。
斑枯病
斑枯病主要危害叶片。初发时，叶片病斑呈圆形或不规则形，边缘明显，黄褐色，中央灰白色，上散生黑色小点。冷凉高湿、多雨或植株衰弱时发病重。
防治方法是加强田间管理，施足底肥，合理追肥，增强植株抗病力。在棚中栽培要注意降温排湿，缩小昼夜温差，减少结露，切忌大水漫灌。棚中发病时，可喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。露地可喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，60%琥·乙磷铝可湿性粉剂500倍液，47%加瑞农可湿性粉剂500倍液，隔7-10天1次，连续防治2-3次。
菌核病
症状是危害芹菜茎、叶。受害部初呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面生出白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菌核萌发温度5-20度，15度最适，相对湿度85%以上时该病易发生和流行。
防治方法是实行3年轮作。播前用10%盐水选种，除去菌核后用清水冲洗干净，晾干播种。发病初期喷洒50%速克灵或50%扑海因或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。棚中发病用粉尘法，喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。
软腐病
软腐病主要发生于叶柄基部或茎上。症状是先出现水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形凹陷斑，后呈湿腐状，变黑发臭，仅残留表皮。该病为细菌性病害。病原细菌在土壤中越冬，从伤口侵入，借雨水或灌溉水传播蔓延。湿度大时发病重。有时与冻害或其它病害混发。
防治方法是实行3年以上轮作。移栽、松土或锄草时避免伤根。雨后及时排水；发现病株及时挖除，并撒入石灰消毒。发病期减少浇水或暂停浇水。发病时及时喷洒下列药剂防治：72%农用硫酸链霉素3000-4000倍液，50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500-600倍液，隔7-10天1次，连续防治2-3次。
病毒病
全株都可染病毒病。初叶片皱缩，呈浓、淡绿色斑驳或黄色斑块，表现为明显的黄斑花叶。严重时全株叶片皱缩不长或黄化、矮缩。病毒在田间主要通过蚜虫传播，也可通过人工操作接触摩擦传毒。栽培管理条件差、干旱，蚜虫数量多发病重。
防治方法是采取防蚜、避蚜措施进行防治。加强肥水管理，促进植株生长健壮，提高植株抗病力。进行叶面喷肥，也可提高耐病性。发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液，或20%病毒A可湿性粉剂500倍液。
空心、叶柄开裂及缺硼
空心症状是从叶柄基部向上发展，空心部位出现白色絮状木栓化组织。是一种生理老化现象，多发生在沙性土壤，尤其是肥料不足或后期脱肥易发病。土壤干旱、芹菜受冻也可发病。而叶柄开裂症状的主要表现为茎基部连同叶柄同时裂开，影响品质。叶柄开裂的原因多数是在低温干旱条件下，生育受阻所致。
防治方法是选择非沙性土壤，施足腐熟有机肥，适时追肥，发现叶色变浅有脱肥迹象时，可喷洒0.1%尿素液肥或叶绿精等叶面肥。
缺硼症的表现为叶柄肥大、短缩，向内侧变曲。土壤缺硼，或土壤中其他元素偏多，硼的吸收受到抑制。
防止方法是施足腐熟的有机肥，或每亩施入硼砂1公斤，与有机肥充分混匀。应急时可叶面喷施0.1%-0.3%硼砂水溶液。
蚜虫
症状是西芹受害后，叶片皱缩、生长不良、心叶枯焦，而且蚜虫排泄物还污染茎叶，使之失去商品价值。
防治方法一是黄板诱杀，每亩30块涂机油的黄板；二是银灰膜驱蚜，播种前或定植前在菜田间隔铺设银灰膜条；三是化学防治，发生后可用艾美乐3000倍液，即每袋（0.5克）兑1桶水（30斤），如果蚜虫抗性大，可在每桶水中加5毫升高效灭百可进行喷雾防治，效果很好；还可用5%氯氰菊酯2000倍液交替或混配喷雾。
