藜蒿主要病害有病毒病、白粉病、白绢病、菌核病和灰霉病等，藜蒿忌长期连作，应每3年换茬防止病虫害发生。秋冬茬覆盖后，应注意塑料棚内通风排湿，降低湿度，防止病害发生。
1、藜蒿白粉病
主要危害叶片和茎，在叶片上产生红色粉斑（分生孢子、分生孢子梗及菌丝体），扩大后可达整个叶片。茎表面也产生白色粉状斑。在时晴时雨、高温多露、多雾的天气，植株生长茂密的情况下，易发病，且发病严重。
【防治方法】发病初期，可选用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液、20%三唑酮乳油1500-2000倍液或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液喷雾防治，每隔10天喷1次，连喷2-3次。
2、藜蒿菌核病
一般从近地面的茎部开始，初呈褐色水渍状，迅速向上、向内扩展，而后造成软腐。潮湿时，在病部表面上长出白色棉絮状菌丝体褐色的鼠粪状菌核，最后导致全株死亡。植株生长衰弱或受低温影响，一般气温在20℃左右，空气相对湿度连续在90%以上的高湿状态下易发病。
【防治方法】发病初期，可选用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%异菌脲悬浮剂800-1000倍液或40%嘧霉胺悬浮剂800-1500倍液等喷雾防治，每7-10天喷1次，连喷2-3次。
3、藜蒿病毒病
常见有花叶坏死斑点和大型轮状斑点，致使整株发病，叶片黄绿相间，形成斑驳花叶或局部浸染性紫褐色坏死斑，或黄色小点组成的轮状斑点。春、秋两季均有发生，以秋季发生较重，一般天气干旱、蚜虫发生严重时，病毒病发生较重。
【防治方法】在防治蚜虫的同时，可喷雾植物双效助壮素（病毒K）、1.5%植病灵乳剂800倍液或20%盐酸吗啉胍·铜可湿性粉剂300倍液。
4、藜蒿灰霉病
发病初期，每亩用2%腐霉利烟剂12粒，分散点燃，关闭棚室，熏蒸一夜。
5、藜蒿白绢病
藜蒿发病初期，用15%三唑酮乳油1500倍液喷雾于茎基部，7-10天喷1次，连喷2次。
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