1、人工防治
柑桔小实蝇属全变态型，切断任一转化链都可降低下一代的繁殖系数。受害果园在落果期要及时清除落果，同时还要经常摘除树上有虫害果。常用处理方法有烧毁、水浸、水烫和深埋，具体做法：对虫害果可采用进行集中烧毁或加石灰投入粪池沤浸，或用沸水水烫处理；或进行药物喷杀后深埋50CM以上。
2、果实套袋
在幼果期果实尚未被虫危害时进行套袋，可有效防止成虫产卵而造成危害。番石榴、杨桃果实可用薄膜套袋，芒果果实宜用无纺布套袋。我市五桂山的芒果，三乡鸽场的新加坡杨桃，坦洲、南区的台湾番石榴实行套袋护果措施，效果很好。套袋既可减少多种病虫危害，提高水果品质和商品价值，又能生产无公害水果，此方法简单实用，值得推广应用。
3、诱杀成虫
主要使用性引诱剂杀雄虫，此方法简单实用，但需要时间较长。应用性引诱剂诱杀，经过连续较长时间的诱杀，能大大降低果园的虫口密度，且对环境安全，果实不易受污染，高效专一，不易产生抗药性，是目前较理想有效减少虫源的主要方法。具体做法是：将诱捕器悬挂于离地面约1.2M以上的树冠上，每亩挂3-5个瓶，采用梅花式排列。性诱剂和敌敌畏按10：2的比例混匀，用注射针筒吸收药液后注入棉花团，第一次注入量4ml，以后每隔10-15天注入2ml，这样就能利用性诱剂发生类似雌虫的气味诱杀雄虫。此方法在沙溪的胭脂红番石榴上连续两年使用，效果较好。据2003年收获果实时随机取样调查，果实受害率降为10%，好果率由原来的20%提高到90%，大大减少柑桔小实蝇的为害。
4、药物防治
⑴土壤杀虫处理。土壤杀虫处理，重点应放在受害严重的果树树冠下的土表层。一般5-8月为柑桔小实蝇成虫的羽化高峰期，用50%马拉硫磷乳油1000倍或50%辛硫磷800-1000倍喷洒果园地面，每7天喷一次，连续喷杀2-3次，杀灭入土化蛹的老熟幼虫和出土羽化的成虫。
⑵喷剂喷杀处理。在成虫发生高峰期内，用90%敌百虫800倍或80%敌敌畏800-1000倍对树冠和果园周围的杂草进行喷雾杀灭成虫，喷杀时间为上午10-11时前，或下午4-6时进行。对山坡种植的柑桔，据试验，下午4-6时喷杀效果更佳。
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