棉花枯、黄萎病作为棉花的一种恶性病害，严重影响棉花的产量。这两种病目前还未有特效药防治。因此，在备播阶段和播前准备措施就尤为重要了。
一、清除棉柴及杂草。棉花整枝、修棉过程中，打落的棉花枝叶及棉花的根系，脱落病叶是一个潜在的病源，病菌极易通过这些残枝败叶及杂草传播病害。因此，冬闲时期及时清除棉花地的棉柴、杂草及地面的剩余棉花残枝叶，是预防棉花枯、黄萎病很重要的措施。
二、冬前深耕。冬前深耕既有利于纳蓄冬春雨雪，提墒保墒，又有利于晒垄杀死土壤的病菌，预防枯、黄萎病的大发生。冬耕深度一般在25～30厘米为宜。
三、开沟造墒，防病害蔓延。棉花枯、黄萎病作为棉花的一种恶性传播病害，很容易随浇灌耕作过程传播，造成点片式发生。因此，倡导棉花造墒采用沟灌。这样，既节水、节能利于保墒，又可以防止病菌随水流大片蔓延传播。
四、强调选用硫酸脱绒和包衣种子。棉花短绒极易携带病菌，使种子本身就成为致病源。而棉花种子加工过程的硫酸脱绒能够有效的杀死棉种短绒携带的病菌，减轻病害。另外，包衣种子由于包衣剂中含有88种杀菌药剂及农药，也可有效的杀死病源菌，预防病害发生。
五、选用抗病品种。目前市售的抗虫棉品种对枯萎病一般抗性较好，大多品种耐黄萎病。因此，选用抗病品种对病害防治是一个关键之举。“中植棉2号”作为第一个通过国审的高抗枯、黄萎病品种，经山东金秋种业有限公司示范农场一年的种植，其抗性优势明显，适合病害较重的棉田种植。
六、合理轮作倒茬。由于棉田常年连作造成土壤大量带菌，如条件许可可适当的和小麦等其它作物轮作倒茬，有利于减轻病害的发生。另外，在倒茬不便的情况下，应多施腐熟的有机肥，增施磷、钾肥，培肥地力，提高棉花的抗性。
