造成茄子烂秆的病害有很多，如细菌性软腐病、黑枯病、茎腐病、菌核病、绵疫病等。造成目前棚室茄子烂秆的病害主要有以下两种：
一、细菌性软腐病
该病多从摘叶等造成的伤口处浸染，初浸染时呈淡褐色软腐状，严重的造成茎秆表皮、髓部变褐腐烂，失水干缩，但上部茎、叶受害症状不明显，维管束受损伤不大；病害继续发展，病茎上部枝叶萎蔫、枯死。病部具有较明显的臭味。病害在棚室前部和棚膜滴水处发生较为严重。
细菌在没有水珠，植株没有伤口的情况下很难传播危害，因此细菌性病害的防治要从降低棚内湿度做起。覆盖地膜、使用滴灌、合理浇水，可以有效控制棚内湿度；早晨拉起草苫后，进行短时间的通风，可以将棚内高湿的空气排出，减少棚内结露；改善棚体结构、使用高品质无滴薄膜等，可以减少棚膜滴水，对减少棚内病害发生作用明显。
病害发生后，可以用72%农用链霉素1500倍液加50%琥胶肥酸铜（DT） 200倍液或47%加瑞农200倍液涂抹病部，结合72%农用链霉素4000倍加液47%加瑞农600倍液喷雾，每隔7～10天1次，连续2～3次。
二、黑枯病
该病造成的烂秆主要发生在茎基部，病部萎缩凹陷，着生黑褐色霉毛，茎秆内部变褐。茎基部有裂口，病害发生严重。叶片发病初形成黑褐色小点，多不规则，叶脉、叶脉间均可发病，病斑中央颜色稍浅。严重时造成叶片枯死脱落。
防治该病先要做好种子消毒。可用2.5%适乐时10毫升，加水150～200毫升，混匀后拌种5～10公斤。病害发生后，可选用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液加50%琥胶肥酸铜（DT）500倍液喷雾防治。喷雾时，要注意喷洒均匀，特别注意茎基部等发生较重的部位一定要喷到。
