（1）培育和选用优良菌种优良菌种：一是种性要好种，具有高产、优质、抗逆性（含抗病虫）强的特性；二是纯度要高，无病虫感染。最根本的还是培育抗病抗虫能力强的新品种和新菌株；三是菌龄适宜。老化的菌种，不但生活力差，而且污染的机率多。选用菌种时，如果忽视了后两点，往往是造成制种期或发菌期受病虫感染严重的主要原因之一。如草菇的菌丝纤细，不浓密，生长快，但容易老化、自溶。如果瓶内菌丝萎缩，或部分菌丝出现自溶现象，或菌龄超过30天以上的，则是老化菌种。播种老化菌种后，不仅菌丝恢复慢，长势差，产量低，而且易受病虫感染。所以菌龄应选用20天左右的为最好。香菇菌种适宜的菌龄是以菌丝长满瓶后即使用为好，一般在45～50天，用这种菌种，接种后菌丝萌发快，生活力强，污染率低。
（2）调节好适宜的酸碱度食用菌对pH的要求，除草菇喜碱性外，大多喜偏酸或中性的环境。而大多数病原菌喜中性或偏碱性的环境。因此，在制作菌种时，可添加适量的过磷酸钙，将培养基调酸一点，既可抑制病菌的发生，又可为食用菌提供一定的磷素。在菇床上如发现一些喜碱条件的病菌，，如白色石膏霉、褐色石膏霉，可将过磷酸直接撒在发病料面上。
草菇播种后，培养料有由碱变酸的趋势，根据草菇喜欢碱性环境的特性，可结合喷水和在每潮菇采收之后，用pH9的石灰水喷洒，以满足草菇生长对pH的需要，同时又可抑制与草菇争夺养分、。水分的鬼伞类的发生。因为鬼伞类喜欢酸性环境，在中性或微碱性环境则生长不良。一些在中性或微碱性环境液也能生长良好的菇类如蘑菇、平菇，栽培时所用的原料（稻草、棉籽壳等）可用1％～2％石灰水调配，采菇后也可用石灰水（上清液）喷洒。
（3）加强栽培管理，提高食用菌抗病抗虫能力发菌期管理要以能促进食用菌菌丝生长又能抑制病菌发生为目的。采取的措施主要是：
①适当降温培养大多数病菌是喜高温的，食用菌除草菇外，要求的温度较低。因此，接种后培养温度应控制在25℃以下。适当降温培养，虽然菌丝生长速度较慢，但粗壮有力，而病菌明显减少。
②降湿培养食用菌在菌丝体生长期要求的空气相对湿度也比较低，因此，在发菌期空气相对湿度应保持在60％左右，可以有效得抑制病菌的发生。
③及时翻堆检查接种7天后进行一次翻堆检查，发现受病菌侵染的，程度轻的菌袋可用75％酒精或1：3甲醛溶液注射患处；感染严重的，应用比原菌袋大一点的袋子套上扎紧，重新灭菌、接种。切忌将污染的菌筒脱袋晒干再用，让病菌孢子四处飞扬，造成严重的重复感染。
出菇期管理要注意科学用水，不清洁的水是会传播病菌的媒介。因此，菇房的水分管理，一是要保证用水清洁，在难以保证的情况下，可用150毫克/升漂白粉溶液喷洒。二是喷水要促控结合，该多则多，该少则少。覆土后前期要轻喷、勤喷，待快出菇时才重喷出菇水。到出菇期，菇多时多喷，菇少时少喷。
菇床喷水之后要结合通风。大多数病菌喜高温高湿，菇床一旦出现病害，应停止喷水，加大通风量。
此外，应调节好菇房适宜的光、温、水、气等生态条件，使食用菌菌丝生长健壮，增强生活力和提高抗逆性，能以旺盛的长势，抑制病菌的发生和蔓延。
