蘑菇褐斑病又称干疱病、轮枝霉等。有些地区发病比较严重，产量受到很大损失。
为害症状：菇蕾被害，生长发育不良，致使菌柄、菌蕾不能形成，变为干缩的白色小菌块。子实体被害，菇盖上产生许多针头大小的褐色斑点，后来斑点扩大凹陷，中间灰白色，潮湿时，病斑上生有白色霉状物，即分生孢子梗及分生孢子，菇柄被害，菇枘变粗变褐色，外层组织剥裂，长大后菇枘歪斜成畸形。
病原：此病是由半知菌亚门菌生轮枝霉侵染引起的，菌丝灰白色，分生孢子梗从菌丝上长出，分生孢子着生于小梗的顶端，呈卵圆形或椭圆形。
发生规律：病菌主要通过土壤，如覆土进入菇房，也能通过菇蝇、螨类、工具及人工操作带入菇房，发病后产生分生孢子，借喷水、气流、昆虫传播。高温、高湿利于发病，喷水多，通风不良、结菇前覆土层湿度高，一般发病生。
防治技术
1．农业防治
（1）培养料消毒采用二次发酵，既利于蘑菇菌丝生长，又可抑制轮枝霉菌生长。
（2）覆土消毒可用高湿处理，经60℃处理1小时。
（3）防虫进入采取措施，防止菇蝇、螨类进入菇房。
（4）控制温湿度在维持菇房温度正常的条件下，应开窗通风换气，降低湿度，覆土层要注意，湿度不宜过大。浇水后要及时通风降湿。
（5）及时铲除病菇发现病菇时，立即将病菇连菌丝体及10厘米深的培养料一并挖出，带出菇房或田外烧毁，病穴用无菌土填平，同时，所有的用具用4%的甲醛消毒，以预防菌传染。
2．药剂防治
（1）喷酒药液在菇长出前，可用50%苯来特可湿性粉剂600倍液喷洒盖土和床表面，发病初期，可喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或20%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液、60%防霉宝可湿性粉剂600倍液。
（2）调换病土加药剂防治发病严重的，可将病土全部铲掉，换用无病新土，重新覆盖，并采取措施，降低床内温湿度，必要时把所有蘑菇摘除，病菇深埋或烧毁，使菇床土干燥几天，然后用2%福尔马林喷洒菇床表面，待福尔马林挥发后再喷水。注意：所有的用具用场%福尔马林（甲醛）溶液消毒；喷福尔马林容易出药害，要特别小心，一是浓度不宜大，二是不能马上播种（一般隔14天后），土要翻动，并通风，让药挥发，防止产生药害。
