肥害：肥害是因肥料施用不当对蔬菜秧苗造成的危害。肥害初期表现从下部叶片开始，中午萎蔫，早晚可恢复，严重时早晚也难恢复，其发生原因是配制营养土时掺入过量化肥或未熟的畜禽粪，造成土壤水分渗透压力过大，根系吸水困难而“烧苗”。防治应以预防为主。在配制营养土时要使用搓碎过筛、充分腐熟的有机肥，并严格按技术要求配比，追肥一定要结合浇水进行。一旦发生肥害，要立即浇大水，可减轻或缓解症状。
药害：日光温室蔬菜生产由于空间小、密闭性好，农药使用不当易产生药害。一些杀菌剂如代森锰锌、百菌清、杀毒矾等配制浓度过大都会引发药害。另外某些蔬菜对一些杀虫剂十分敏感，即使少量使用也会发生严重药害。一旦发生药害，喷施“植物动力2003”等营养药，可缓解药害。
氨害：氨害是日光温室内空气中的氨气浓度达到一定程度时对蔬菜造成的危害。蔬菜发生氨害时，常表现为叶片急速萎蔫，随之凋萎干枯呈烧灼状。防治方法首先是要选连续晴天时结合浇水追肥，饼肥和其它有机肥要及时翻入土内。其次是要在追肥后及时通风，防止氨气积累。可以用pH试纸检测温室内的氨气含量。用pH试纸沾取棚膜上的水珠，当pH值＞7时，说明氨气存在，要及时放风。当pH≤7时，说明温室内无氨气。
寒害和热害：日光温室生产不注意保温和增湿易造成寒害，温度过高又易造成热害。一般只要落实好常规的保温措施，温室内温度不低于0℃就不会直接冻死蔬菜苗，但是一些喜温蔬菜如黄瓜、茄子等，当夜间温度连续5天低于8℃时会出现寒根，进而导致沤根死苗。热害多是人为原因造成的，如晴天中午不注意放风，致使温室内温度高达40℃以上，幼苗过度失水而干枯。只要勤看温度计，超过要求温度及时放风降温就不会发生热害。
病害：日光温室中温度高、湿度大，有利各种病害发生。实践中防治病害采取农业防治和化学防治措施并举，采用种植抗病品种、增施有机肥、起垄栽培、放风、扣地膜和膜下暗灌等农业措施，都会减少病害的发生。
闪苗：天气连阴几天骤晴，就急于拉开草苫晒苗，常造成植株突然萎蔫，甚至全株死亡，群众俗称“闪苗”。预防“闪苗”，一是阴天期间仍要坚持拉放草帘，可晚拉早放，天气寒冷可在温室前坡前端和后坡尾部将草苫卷起1米左右，让秧苗接受一些散射光；二是天气骤晴后，在早晨太阳出来到10点前全部卷起草苫，不要放风，10点后阳光增强时放下一半草苫，如果秧苗出现打蔫时，可以向蔬菜苗上喷洒清水，提高温室内空气湿度，防止叶片失水。这样要连续观察2—3天，直到秧苗适应晴天后才可转入正常管理。
气害：气害是指有害气体对温室蔬菜造成的危害。有害气体多是人为因素造成的，如温室内生煤火或烧木柴产生大量烟雾和SO2气体。用烟雾剂农药熏棚时药量过大也会对蔬菜秧苗造成危害。要防止气害，一是温室加温必须用烟囱，防止有害气体进入温室。二是熏棚时严格按药剂使用说明确定用药量，不要盲目加大药量。
除草剂害：蔬菜幼苗对多种除草剂极为敏感，误用除草剂、除草地膜或使用喷过除草剂的喷雾器都会造成秧苗受害。蔬菜受除草剂为害后很难补救，即使能恢复生长也将会造成减产减收。所以要提高警惕，严防误用除草剂、除草地膜和喷过除草剂的喷雾器。
