主要有棉苗病害（立枯病、炭疽病和棉苗疫病等）、枯萎病、棉蚜、棉红蜘蛛；其次，局部棉田有棉蓟马、棉盲蝽、小地考虑和蜗牛为害。在防治上，要以防病保苗为重点，采取农业防治与药剂防治相结合的办法，做到病虫兼治。同时，还要认真搞好移栽前后的棉田除草为棉苗生长提供良好的生态环境。
一、苗床期防治
1、加强苗床管理：苗床四周没有开沟的要补开沟，要求沟深30厘米、宽25厘米；原已开沟的要注意清沟，保证排水通畅，降低苗床湿度。在移栽前15～20天，选晴天进行搬体（移动）蹲苗，大、小、健、弱苗分开摆放，促进棉苗平衡生长，亦可减轻病害。
2、及时喷药防治病虫：在晴天揭膜炼苗时，采用50%植康可湿性粉剂800～1000倍或50%多菌灵可湿性粉剂500～800倍液粗水喷雾淋苗，一般应防治2～3次。在育棉盲蝽、红蜘蛛及棉蚜为害的苗床，结合防病加入25%快杀灵二号乳油（1500倍）兼治或专治。在棉苗移栽前3～5天，用40%久效磷乳油1000倍液喷一次“送嫁药”，带药移栽。
二、移栽前大田化学除草
前茬作物为油菜的棉田，。在油菜收获后，立即每亩选用41%农旺水剂300毫升、41%农达水剂200毫升或10%草甘膦水剂250～500毫升，对水50公斤喷雾，一周后移栽棉苗。
三、棉花大田防治
1、农业防治措施：及时开沟排水，做到畦、腰、围三沟配套，雨停沟中无积水，减轻苗病和棉枯萎病的发生。直播棉田要及时定苗。
2、化学除草：棉苗移栽活棵后，每亩用50%龙胺乳油或50%乙草胺乳油100毫升，对水50公斤，均匀、定向喷雾于地表，使土壤表层覆盖药膜，控制杂草萌芽生长。注意药液不要粘在棉苗叶及绿色嫩茎上，以免产生药害。
3、防治病害
棉苗病害：少数直播棉田，要注意防治苗病，药剂种类及用法同苗床。
棉枯萎病：在枯萎病常发、重发区（田），结合移栽浇活棵水，每株浇灌12.5%治萎灵浓可溶剂250倍液100毫升。以后注意查治，发现病株，及时对病株周围2平方米范围内的棉株再浇灌一次。
4、防治虫害
（1）小地老虎：对当日为害株率≥5%或断苗率≥2%的棉田，要选用下列方法专治。
棉枯敌百虫毒饵诱杀：亩用90%敌百虫晶体50克，加水0.5公斤溶解，喷在3.5公斤筛过的棉枯饼粉上，拌匀即成毒饵，于傍晚顺棉行撒施在棉苗蔸部附近。
药液护苗：用50%辛硫磷乳油1000倍液浇根。
（2）蜗牛：少数为害重的棉田，每亩选用6%密达颗粒剂0.5公斤、8%灭蜗灵颗粒剂2公斤或6%除蜗灵2号颗粒剂0.7公斤撒施。
（3）棉蚜：对少数卷叶株率达15～20%的棉田进行专治，达不到防治指标的棉田实行兼治。
药液滴心：用40%久效磷乳油70倍或40%乐果乳油（或氧化乐果）100倍液点滴棉苗顶心。
药液喷雾：用高兴龙大功臣2000～3000倍液喷雾。
（4）棉红蜘蛛：凡见黄（红）斑叶的棉，及时采用25%单甲脒乳油1500倍液或75%克螨特乳油2000倍液，挑治黄（红）斑叶棉株。
（5）棉盲蝽：百株虫量超过15头的棉田，采用乐果或氧化乐果1000倍液喷协和，进行专治，未达防治指标棉田结合防治其他害虫兼治。
