由于栽培三七的生长年限较长， 又生长于荫蔽高湿的环境中， 因此， 病害较多且蔓延迅速。 三七病害主要有黑斑病、根腐病及疫病；虫害主要有红蜘蛛、蚜虫等。
1、病害
（1）黑斑病
黑斑病表现为叶片、茎上出现浅褐色椭圆形病斑， 或黑色霉状物， 严重时出现扭折， 发病初期用 40% 菌核净 500 倍液 + 70% 甲基托布津 500 倍液或 45% 代森铵水剂 1000 倍液叶面喷雾。
（2）根腐病
根腐病症状主要为叶片垂萎发黄， 拔出植株后会发现块根或根茎已腐烂， 发病初期用 10% 叶枯净 + 70% 敌克松+25% 粉秀宁各 15kg/hm²， 拌细土 2 250kg ， 制成药土施用具有较好的防治效果。
（3）疫病
三七疫病表现为先于叶尖或叶缘开始出现水浸状病斑， 随后病部迅速扩大， 病斑颜色变深， 病部变软， 叶片呈半透明状干枯或下垂， 茎秆发病后亦呈暗绿色水渍状， 植株变软倒伏死亡。
三七病害发生与环境条件、 荫棚透光率、 栽培密度、施肥、 田间管理等因素有关， 目前最理想的办法是采用农业综合措施辅以化学方法进行防治。
方法如下：
①随时调整荫棚， 荫棚应遮去自然光的 85%一90% 为宜， 如荫棚透光度过高， 棚内温度过高， 三七黑斑病、 蚜虫等病虫害发生较重， 且易造成日灼症等生理性病害； 透光度过低, 则三七苗生长明显受阻， 导致根系发育不良， 产量下降。
②管理人员应及时清除病株残体以防止病害蔓延。
③选高效低残留农药进行病虫害防治。
④冬季打扫三七园， 消除病残体并进行消毒处理， 可用代森锌、 多菌灵、 敌克松等 300一500 倍液进行灌根或喷雾处理。
2、虫害
防治红蜘蛛可用 20% 三氯杀螨矾 800 倍液喷施； 防治蚜虫可用 40%乐果乳油 800一1500 倍液喷杀。
