君子兰由于栽培条件不合适，常常引起病菌的侵入，发生病害，轻者影响其观赏价值，重则植株死亡。因此，早期诊断出君子兰病害的种类，及时采取防治措施，是十分必要的。一、叶片枯萎病：发生部位为嫩叶尖端，症状由上向下发展，严重时整个叶片变黄，枯萎。这种病害是由于根颈腐烂病又叫根腐烂病，它是由一种真菌侵害瑞香而引起较严重病害。主要为害植株的根际（根颈）及附近地面上茎的皮层与韧皮施肥过量或浇水过多而发生的一种生理性病害。如果是肥大，就要换盆土，根下垫一层细砂，盆土宜用疏松腐叶土，酸碱度以中性为宜。如果是水大，就要控制浇水量，并将黄叶摘除，植株仍能恢复正常生长。二、叶斑病：是叶片上发生黄色的小斑点，病斑增大，直径可达3?5毫米左右，圆形；病斑蔓延连成一片，叶片就会枯黄。另一种是叶片上病斑大，形状无规则，黄褐色至灰褐色，稍有轮纹，后期病斑背面出现黑色小点。上述两种病害，都是由于通风不良，有介壳虫寄生，以致植株生长衰弱。防治方法是：用0.5％高锰酸钾液涂抹病斑，或用50％多菌灵1000倍液进行喷雾；如若病害严重时，就要摘去被害叶片，进行烧毁，并在伤口处用无菌脱脂棉吸干。三、细菌性腐烂病：因受机械损伤或受介壳虫的危害，造成病菌侵入，为害叶鞘和叶心，应切除腐烂处，伤口用脱脂棉吸干，再用0.02％链霉素涂抹。
