菌核病亦是保护地生菜十分重要的病害，老菜区发生普遍，有进一步发展的趋势。据北京郊区调查，该病为冬春季生菜损失最为严重的病害，全生育期均可发生，以包心后发病最重。一般发病率10%-30%，严重棚室发病率可达80%以上，直接引起植株腐烂或坏死，对产量影响极大。南方菜区露地种植亦零星发病，在一定程度上影响生产。此病还为害数十种特种蔬菜。
[症状]本病主要为害茎基部，最初病部为黄褐色水浸状，逐渐扩展至整个茎部发病，使其腐烂或沿叶帮向上发展引起烂帮和烂叶，最后植株萎焉死亡。保护地内湿度偏高时，病部产生浓密絮状菌丝团，后期转变成黑色鼠粪状菌核。
[发病规律]病菌以菌核和病残体遗留在土壤中越冬。北方地区3-4月气温回升到5-30℃，只要土壤湿润，菌核就萌发产生子囊盘和子囊孢子。子囊盘开放后子囊孢子萌发先侵害植株根茎或基部叶片，受害病叶与邻近健株接触即可传病。菌核本身也可以产生菌丝直接侵入茎基部或近地面的叶片。发病中期，病部长出白色絮状菌丝形成的新菌核萌发后进行再次侵染，发病后期产生的菌核则随病残体落入土中越冬。土壤中有效菌核数量对病害发生程度影响很大，新建保护地或轮作棚室土中残存菌核少，发病轻，反之发病重。菌核形成和萌发适宜温度分别为20℃和10℃左右，并要求土壤湿润。空气湿度达85%以上，病害发生重，在65%以下则病害轻或不发病。
[防治方法]
1、栽培防病。收获后彻底清除病残体及落叶，并进行50-60厘米深翻，将病菌埋入土壤深层，使其不能萌发或子囊盘不能出土。还可覆盖阻隔紫外线透过的地膜，使菌核不能萌发，或阻隔子囊孢子飘逸飞散，减少初侵染源。
2、土壤处理。即春茬结束将病残落叶清理干净，每公顷菌源撒施生石灰6000-7500千克和碎稻草或小麦秸杆6000-7500千克，然后翻地、做梗、浇水，最后盖严地膜，关闭棚室闷7-15天，使土壤温度长时间达60℃以上，杀死有害病菌。
3、药剂防治定植前在苗床可喷洒40%新星乳剂8000倍液，或25%粉锈宁可湿性粉剂4000倍液。发病初期，先清除病株、病叶，再选用65%甲霉灵可湿性粉剂6000倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂600倍液，或40%菌核净可湿性粉剂1200倍液，或40%菌核利可湿性粉剂500倍液，或45%特克多悬乳剂800倍液喷雾，重点喷洒茎基和基部叶片。有条件的地区最好选用粉尘剂进行防治。
