根腐病在黑龙江省大豆产区普遍发生，田间一般病株率为30%～40%，低洼地和重茬地病株率可达70%以上，最高死苗率在15%以上。东部地区重于西部地区，其中以东部土壤潮湿地区发生最重。一般年份大豆生育前期（开花期以前）病株率为75%左右，病情指数为35%～50%，多雨年份病情指数可达60%以上。
大豆根腐病发病主要取决于土壤中的菌源数量、土壤理化性质及土壤温湿度以及植株抵抗力等条件。要更好地防治大豆根腐病就必须根据这些发病条件进行防治。改变以往单纯使用化学药剂进行防治的方式，采取农业措施防治与生物药剂防治相结合的综合防治措施。
1.避免连作，科学轮作。由于根腐病菌属土壤习居菌，可以在土壤中腐生，在连作的条件下，病菌生育良好，繁殖快，土壤中菌源数量增多，发病重。加之大豆连作地块根系分泌物、根茬腐解物、根际微生物的变化使土壤环境恶化，破坏了大豆根部的正常生理活动，降低了根系生理活力，破坏了共生固氮系统，抑制了根的吸收能力，使植株代谢减弱，植株生育缓慢。因此，大豆连作年限越长，块根腐病发病越重。
目前，解决大豆重、迎茬危害的根本途径是坚持3年以上与禾本科作物进行轮作的制度。但是，在当前以农户为生产经营单位的条件下，大豆重、迎茬是不可避免的。因此，应把重茬和迎茬区别开来，尽量减少重茬，适当迎茬。重、迎茬时，可选择有机质含量高的平川地和二洼地种植大豆，重茬也只能重一年，前茬玉米、线麻、亚麻种大豆最好。
2.根据土壤理化性质科学选地。土壤质地疏松、通透性好，如沙壤土、轻壤土、黑土较土壤黏重、通透性差的白浆土、黏土地发病轻，土壤肥沃地较土壤瘠薄地发病轻。
3.根据土壤温湿度调节播期。大豆种子发芽与幼苗生长适温为20～25℃，温度低于9℃出苗就受到严重影响。因此播期土壤温度低、发病重。土壤含水量大，特别是低洼潮湿地，大豆幼苗长势弱，抗病力差，易受病菌侵染，发病重。
4.采用科学的栽培耕作方式。一般垄作栽培的大豆比平作栽培的发病轻，大垄栽培的大豆比小垄栽培的大豆发病轻。其原因是垄作栽培可以进行中耕培土，使土壤疏松，通透性好，土壤含水量低；平地由于土壤板结并易发生涝害，使土壤含水量高，有利于病菌繁殖及侵染根部，发病较重。
5.选择适宜的播种深度。大豆播种深度直接影响幼苗出土速度，播种过深，加之地温低，幼苗生长慢，组织柔嫩，地下根部延长，根易被病菌侵染，使病情加重。
6.采用平衡施肥方法。施肥水平对根腐病的发生也有很大影响，黑龙江省普遍重视磷肥，而忽视氮肥、钾肥以及微量元素的施用，很少使用农家肥，重迎茬地块土壤速效氮、钾养分含量下降，硼、锌、钼等微量元素含量减少，营养失调，使作物抗病性下降。通过科学的测土配方技术进行平衡施肥，合理补充氮、磷、钾肥以及微量元素肥料可显著提高大豆对根腐病害的抵抗能力。每667平方米施入1000kg有机肥，可增产大豆10%以上。
7.防治害虫，减少病菌从虫口侵入的机会。一般根部有潜根蝇危害，有利根腐病害发生，虫株率越高发病越重，反之则轻。
8.采用合理的化学除草剂。大豆田化学除草剂应用得好，可以对大豆田灭草起到良好作用，但某些化学除草剂因施用方法和剂量不当，可造成大豆幼苗药害，使幼苗生长受阻，同时也加重了根腐病的发生。
9.选择抗病品种。可选用发病轻的高产、优质、抗逆性强的品种。实践证明，选用抗病或耐病品种，是减轻重迎茬影响大豆产量与品质的有效措施。另外还应做好不同品种合理搭配，轮换品种种植以减轻重迎茬危害。尤其是绥农14、绥农15、合丰25、合丰35等品种发生根腐病及胞囊线虫病偏重；可选择绥农10、新合丰25、垦鉴豆23等品种。
10.增加播量。对于重迎茬地块，要确保豆苗株数，发挥群体的增产作用，以减轻减产幅度；要适当增加播种量，一般比正常大豆增加8%～10%播量，并提高播种质量，增加保苗株数。
11.精细耕作。大豆重迎茬地块，尤其是连年重茬，导致土壤紧实板结，缺少合理团粒结构，肥力下降。进行精细的土壤耕作，可以破坏板结层，为大豆根系生长发育创造良好的土壤条件，有效减轻病虫危害。在土壤耕作上，要坚持以深松为主的松、翻、耙、旋相结合的土壤耕作制，大力推广深松耕法，改善大豆生育环境。另外普通大豆种衣剂拌种后，药效只能维持15～25天，因此要及时进行中耕培土，尤其在地下根部受害以致死亡的情况下中耕培土措施更为重要，以促进地上茎基部侧生新根的形成，能及时补充肥、水，否则造成无侧根使幼苗死亡。
12.药剂防治。通过药剂拌种，推迟侵染期。35%多克福种衣剂，有效期短，仅有25～30天；因杀菌剂有效期短，多种杀菌剂制成种衣剂只能做到保主根、保幼苗、推迟侵染、减轻危害。常用方法：（1）用含有多菌灵、福美双和杀虫剂的大豆种衣剂拌种，每100kg种子用种衣剂1000～1500m1。（2）每100kg种子用2.5%适乐时悬浮种衣剂150ml加20%阿普隆拌种剂40m1拌种，应用生物药剂防治效果要好于化学药剂的防治。一是生物防治打破了土壤中菌群环境的平衡，减少了有害菌对根部的侵染；二是作用时间长，作用时间在70天以上；三是针对性强，对大豆重迎茬主要障碍因素-紫青霉菌及其分泌的毒素和大豆根腐病致病菌-镰刀菌F6均有极强的抑制作用。2006年在黑龙江省虎林区域进行了133公顷的大豆多年重茬地块生物拌种试验，种衣剂拌种死苗率在10%以上，生物拌种死苗率在5%以下。尤其是连作7年的地块种衣剂拌种死苗率在30%左右，而生物拌种死苗率在3%左右。方法是每100kg种子用2%菌克毒克（宁南霉素）水剂1000～1500ml拌种，
