苗期
棉花苗期防治的重点是苗期病害和苗蚜、地老虎等虫害。苗期要中耕松土，破坏土壤板结层，这样不但可提高地温，减轻苗期病害发生，而且可清除杂草，消灭部分地老虎的卵和刚刚孵化的幼虫。
一、苗蚜当蚜株率达到30％、卷叶株率为5％时可选用内吸性药剂滴心。药剂可选用40％的氧化乐果100倍液、20％的灭多威250倍液。将工农16型喷雾器的喷头用纱布包住，开关开1/3，将药液滴在棉株顶尖上，3片真叶前每株滴1～2滴，4片真叶后滴2～3滴。每亩也可施用2.5％的辉丰菊酯乳油30毫升，对水30公斤喷雾防治。但当田间瓢虫等苗蚜的天敌与苗蚜的比例大于1：120时，靠天敌就可以控制苗蚜危害。
二、地老虎防治3龄前地老虎，可撒毒土。每亩用5％的毒死蜱颗粒剂3公斤，加适量细沙土混合均匀，或每亩用48％的乐斯本乳油300毫升，加细沙土20公斤混合均匀，于傍晚顺垄撒施。如地老虎超过3龄，要用敌百虫毒饵防治。用90％的晶体敌百虫100克，加水1公斤，拌10公斤麦麸或棉子饼，于傍晚顺垄撒施，每亩撒2～3公斤，防效在80％以上。
蕾铃期至吐絮期
此期的防治重点是棉铃虫、伏蚜、棉盲蝽、棉叶螨、枯萎病、黄萎病及棉铃病等。
麦收后及时浅耕灭茬，杀死一代棉铃虫蛹。结合整枝、打杈，进行人工抹卵，捉老龄幼虫，把疯杈、顶尖、边心及无效花蕾、烂铃等带出田外，并将其集中处理。棉花生长后期，要及时去除老叶、空枝。
一、棉铃虫抗虫棉不需喷药防治二代棉铃虫。常规棉防治二代棉铃虫要掌握在成虫产卵盛期进行。当有效天敌总量与棉铃虫卵量的比例为1：2～1：3时，天敌可以控制棉铃虫，不需施药防治。天敌少，棉铃虫百株累计卵量超过100粒时，每亩可选用棉铃虫核多角体病毒（NPV），或1.8％的集琦虫螨克乳油3000～5000倍液喷雾防治。防治三、四代棉铃虫，应视田间实际情况进行。当三代棉铃虫百株有1～2龄幼虫5～8头、四代棉铃虫百株有1～2龄幼虫10～15头时，每亩可选用4.5％的氯氰菊酯乳油60～100毫升、2.5％的辉丰菊酯乳油40～50毫升、25％的速杀王乳油72～80毫升，对水50～60公斤喷雾防治。防治三、四代棉铃虫时，由于棉株大，棉铃虫产卵分散，喷药时应注意使棉花顶尖、花蕾铃上着药均匀。同时应交替用药和轮换用药，施药后遇雨，要及时补喷。
二、伏蚜当百株上、中、下三叶蚜量为1万～1.5万头时要用药剂防治。每亩可选用10％的大功臣可湿性粉剂10～15克、2.5％的辉丰菊酯乳油20～30毫升、4.5％的氯氰菊酯乳油30～60毫升，对水50公斤喷雾防治。
三、棉盲蝽当棉花被害株率达到10％时，每亩可选用10％的大功巨可湿性粉剂5～7克、20％的好年冬乳油15毫升、一遍净10克，对水40～50公斤，于傍晚喷药。
四、棉叶螨防治指标是红叶率为3％。每亩可选用1.8％的集琦虫螨克乳油3000～5000倍液喷雾防治。
五、棉红铃虫在棉红铃虫卵孵化盛期，选用2.5％的功夫菊酯或敌杀死2000倍液喷雾防治。
六、棉花枯萎病和黄萎病新发生田块，可拔除零星病株，同落叶一起烧掉，然后每平方米用50％的棉隆70克，对病株周围40厘米范围内的病土进行药剂处理，上面再覆盖一层净土。当开始出现零星病株时可用57.6％的冠菌清干粒剂1000～1400倍液、25％的菌百克乳油1500倍液喷雾防治，每隔10～15天喷1次，连喷3～4次。也可用5％的菌毒清水剂200～300倍液灌根。
七、棉铃病夏季多雨或棉田郁闭，容易诱发棉铃病。可在发病初期选用12.5％的禾果利可湿性粉剂2000～3000倍液，或57．6％的冠菌清干粒剂1000～1400倍液喷雾防治。
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