由于在食用菌生长发育过程中，经常会发生竞争性杂菌和病害，所以杀菌剂在食用菌上应用广泛。一般在选择杀菌剂时首先要对症下药，先确定是真菌，还是细菌，然后再根据不同病症选择杀菌剂。其次是选择高效、低毒、低残留的杀菌剂，防止消费者食用后中毒，高毒、高残留农药绝对不能使用。再次是注意个别食用菌种类对杀菌剂的敏感性，防止食用菌中毒。如多菌灵是食用菌上广泛使用的一种高效、低毒、广谱性内吸杀菌剂，在食用菌生产上常用于拌料，一般使用浓度为0.1%～0.2%，而且与等量的敌百虫或合成洗衣粉混合使用效果更佳。但是多菌灵对猴头菇、黑木耳、滑菇、银耳和平菇个别品种有抑制作用，这几种食用菌则不易使用；而且多菌灵不能与铜制剂和碱性农药混合使用。再如甲醛也是一种广谱性杀菌剂，在食用菌生产上经常用于熏蒸消毒，防治细菌、真菌和线虫。但是甲醛有一定的毒性和刺激性，并且与人体接触可以致癌。所以在使用甲醛时，首先喷洒人员要戴口罩，消毒后按每立方米空间喷洒25%～28%的氨水38毫升，或放置5克碳酸铵驱除残留的甲醛气体，防止对人体皮肤、眼睛等造成伤害；其次在食用菌发菌期和出菇期不使用甲醛熏蒸消毒，最好在发菌室空置时熏蒸消毒，防止食用菌产品残留甲醛。
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