草菇栽培一般采用生料栽培或二次发酵栽培，培养料没有彻底灭菌，栽培的全过程均处在高温高湿环境中，故杂菌危害较多，一般常见的有下列几种：
1. 鬼伞类杂菌：
包括黑汁鬼伞、粪污鬼伞、长根鬼伞等。子实体白色，很快开伞，变黑并自溶如墨汁。鬼伞的生活周期一般比草菇早2～3天，与草菇争夺营养，影响草菇的产量；鬼伞腐烂时，菇房气味难闻，由此常常会导致霉菌的产生。
鬼伞主要靠空气及堆肥的传播，培养料发酵时过湿、过干或含氮过多均有利于鬼伞的发生，特别是培养料中添加禽畜粪或尿素等发酵不充分时、培养料ph值２低于6时常常会导致鬼伞的大量发生。
鬼伞的主要防治措施是：
①尽量选用新鲜培养料，使用前曝晒2天，或用石灰水浸泡原料。
②控制培养料的含氮量，发酵料或发酵栽培时，麦麸或米糠添加量不要超过5%，禽畜粪以3%为宜。无论用何种材料栽培，最好以二次发酵，这样可大大减少鬼伞的污染。
③发酵时控制培养料的含水量在70%以内，以保证高温发酵获得高质量的堆料。同时，培养料拌料时，调节培养料的ph值至10左右。
2. 霉菌：
常见的有绿色木霉、青霉、毛霉、曲霉和链孢霉。
草菇的整个栽培过程都会发生霉菌危害，后期比前期多。主要原因是：原料陈旧，ph值偏低，二次发酵不充分，温度偏低或温差过大，培养料偏湿，通风不良，草菇菌丝生长过弱。
防治措施：
①木霉在4～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害草菇培养基时，初期白色棉絮状，后期变为绿色，菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不惜。木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和草菇菌丝。因此，创造适合草菇菌丝生长而不利于木霉繁殖和生态环境，是控制危害的根本措施。一旦发生木霉为害，要立即通风降温，以抑制木霉的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1:200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、ph值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
②链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，如果发现链孢霉，要在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30－40厘米透气差的土壤中，经10－20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
③毛霉又叫黑霉，长毛霉，菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟，该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在高温较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等等。防治方法同木霉。
④此外，严把菌种关，选择生活力旺盛、克杂菌污染的菌种是防治霉菌的关键措施之一。
草菇栽培中常见害虫与防治方法
在草菇栽培中，害虫的危害经常比杂菌的危害更大，且更难防治。防治效果的好坏直接影草菇产量的高低，危害严重是时，会导致绝收。
常见的害虫有：菇螨、菇蝇、菇蚊、果蝇、线虫、蛞蝓、跳虫等。
1. 菇螨的防治方法：
菇螨也称菌虱、菌蜘蛛、螨虫，为害多种食用菌。螨类取食菌丝，使菌丝萎缩，甚至消失，造成栽培失败。常见的螨类有蒲螨、粉螨。由于菇螨虫体小，肉眼不易看清，集中成团时呈粉状。培养料、老菇房、菌种等是螨类的重要传染源。
防治方法：以预防为主，菇房尽可能远离仓库、饲料间、禽畜舍等，栽培原料在进行二次发酵，危害严重时，菇房在重新铺料前要用敌敌畏、杀螨醇等杀螨剂500倍液喷雾或熏蒸24小时，一旦发现体小呈扁平或椭圆形、白色或黄色、长有多根刚毛的菇螨时，要立即选用以下方法将其杀死：
①熏蒸杀螨将棉球蘸是敌敌畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆盖床面，使用药物挥发熏蒸面毒死螨虫。
②喷药杀螨用50%的氧化乐果1000倍液、菊乐合酯1500倍液或克螨特500倍液喷雾杀螨。用洗衣粉400倍液连续喷雾2-3次，也有很好的杀螨效果。
③菜籽饼诱杀在菇螨为害的料面上铺若干块湿布，把刚炒香的菜籽饼撒在湿布上，待螨虫聚集到湿布的菜籽饼粉上时，将湿布取下置开水中片刻即可杀死螨虫。
④糖醋药液诱杀取1份醋酸、1份清水、0.1份白糖，混匀后滴入1-2滴敌敌畏，即配成糖醋药液，用纱布条或棉花浸湿液放在料面上，待螨虫群集其上时，取下烫死害虫。重复以上操作，直到无螨虫为止。
⑤鲜骨诱杀将新鲜猪骨放在菇螨出没为害虫的床面上，相间排放。待螨虫群集其上时，将骨头置开水中片刻即可杀螨虫。反复进行几次，直到床面上无螨为止。
2. 菇蝇的防治方法：
在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0.5%敌敌畏喷杀；培养料进行二次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。
3. 菌蚊的防治方法：
保持菇房干净，栽培场所应远离垃圾堆及腐烂物质，收获后的旧料应及早清除，严重时，出菇前或采菇后喷晶体敌百虫1000倍液进行防治。
4. 线虫的防治方法：
培养料含水量严格控制在70%左右；进行二次发酵；栽培前，认真打扫卫生，通风干燥后，在墙面、地面、床架上喷晶体敌百虫1000倍液。
