木瓜对农药较敏感，因此乳剂及较刺激性的农药慎用。定植后每15-20天固定喷洒杀虫及杀菌之药剂，如发现害虫严重时应立即杀虫。结果时期喷洒农药需添加展着剂。木瓜主要的病虫害有疫病、炭疽病、轮斑病、病毒病和螨、蚜类虫害，一经发现，应尽早寻找对应农药处理。
1、轮点型毒素病（Ringspotvirus）
此病危害特别严重，俗称"狂株"（花叶病），经由有翅蚜虫和机械传播，传染迅速，其病症是心叶黄化缩小，叶背有水浸状、轮状或点状病斑，病叶比正常叶片小，叶缘干枯叶片脱落，只剩顶端一束新叶，甚至全脱落而致植株死亡。病株的叶柄和茎部亦较短小。花瓣上也出现油浸状斑纹，往往开花不能结果，果实上出现圆形、椭圆形、连续或不连续的轮点斑。病株无法继续结果。座果小，糖度低，品质差，失去商品或使用价值。防治法如下：
（1）利用网室栽培
（2）栽培耐病品种
（3）苗接种弱病交叉保护
（4）套袋并间作玉米
（5）园内和附近避免栽植西瓜、南瓜、胡瓜、甜瓜等中间寄主瓜类作物
（6）时时检查，一旦发现病株马上拔掉集中烧掉，病穴撒2两石灰，工具用10倍磷酸三钠消毒，人手用肥皂水消毒。
（7）彻底清除园内及周边附近患病木瓜。
（8）经常性喷药控制（植病灵、病毒必克），并喷硝酸钾。
（9）严禁果园内吸烟。
2、炭疽病(Antehracnose)
病源菌为Colletorichumglolosporiodes，危害果实和茎叶。果实自开花后即会感染，到采收后贮藏期间显现病症，果实表面先发生近圆形，微凹陷的褐色病斑，随果实成熟，斑点逐渐扩大、凹陷，最后转变为黑色而腐烂。其防治法如下：（叶斑病、白粉病、疮痂病、白星病与之相似）：
（1）清除病叶，收集病残物烧毁。
（2）药剂防治：灭病威、多菌灵、施保功、甲基托布津、福美双。
（3）开花后、果实采收前七天，用80%锌锰乃浦（大生45）可温性粉剂烯释1000倍，每7-10天喷一次。
（4）果实采收后，浸于49度温水内20分钟，再浸入冷水20分钟，取出凉干；或用100倍杀菌剂浸果处理。
（5）高温期采收的果实，应摊开在通风阴凉处。
3、疫病(phytophthorablight)
病源菌为phytophthorapalmivora，俗名"水伤"，高温多湿尤其雨后易发生，下部、靠树干或相叠的果实首先发生。最初分泌白色乳液，继生白色霜状物，病斑迅速扩大，果实萎缩变为棕黑色而落果，最后成黑色木乃伊化果实。其防治方法如下：
（1）实施轮栽，并注意通气排水。
（2）雨季每隔7-10天，喷雾代森锌锰可湿度粉剂1000倍液一次。注意喷及果实内侧，并加展着剂。
（3）迅速清除病株、病果并烧毁或深埋。
4、白粉病(Powderymildew)
病源菌为Oidiumcaricae，低温干燥时易发生，初呈圆形白色微点，渐变白粉状，顶部叶片向上树立，叶色黄化枯萎，后期呈现黄色油状不规则点或块状分布，叶柄与叶片都脆弱易断折。防治方法如下：
（1）注意通风和排水
（2）发病时喷射50%免赖得（Benlate）可温粉剂或稳达达8000-10000倍或布端莫乳剂（可利生）8000-10000倍，每隔10天喷一次，连续三次。
5、根茎腐病（Rootrot）
苗期、连作地、雨后易发生，根茎部变软、腐烂，叶部由下而上，黄化脱落。防治法如下：
（1）避免连作，拔除病株；
（2）注意排水
（3）药剂防治：敌克松、多菌灵、五氯硝基苯。
6、苗枯病（Dampingoff）
幼苗基部与土壤交接处，稍呈浅黄褐色，几天后即倒折萎死。防治法如下：
（1）避免在高温多雨季节育苗
（2）用塑料布防雨。
（3）不可密植、深植和灌水过多。
（4）培养土宜用清洁园土或加消毒。消毒方法有烧土、蒸汽消毒、溴化甲烷熏蒸等。
（5）发病初期喷雷多米尔、瑞毒霉、杀毒矾、普力克、多氧清等。
7、蒂腐病（Stem-endrot）
果实采收后由果梗开始发病向内延伸，呈黑色而腐烂。防治法：
采收时用刀割取，并留果蒂一公分，可减少发病。
8、缺硼、块肿病（Deformed-fruitdisease）
幼苗叶色变浅黄，叶缘下卷，并有明显叶斑和穿孔，叶肉变脆易碎，有些如爪状；果实果肉表面分泌牛奶乳状分泌物，并慢慢变色，后期果实表面变粗糙或出现瘤状，这种畸形是木瓜缺硼的最敏感指示。
防治如下：
（1）叶片喷施硼砂400倍
（2）土壤施硼，5克硼砂均匀撒在根系周围，忌过量。
9、红蜘蛛（Redspider）
苗期、高温干燥时易发生，危害叶背和叶柄处，使叶片呈不规则状，叶面粗糙，叶片变黄，幼叶变脆，侧芽数增加。其防治法如下：
（1）用克螨特或三氯杀螨醇等，每隔10-15天喷一次。；
（2）利用天敌生物防治，即释放草蛉或螨。
10、白蜘蛛(whitemite or Broad mite)
危害幼树的心叶，引起叶面粗糙、革质、畸形、变小、叶柄短、腋芽丛生、生长缓慢、开花结果均停止。其防治法为：
用2%阿巴汀（壹等勇）乳剂2000倍或温性硫磺粉300或50%，每隔10-15天喷心叶叶背一次，到新叶无畸形为止。
11、锈蜱（Rustmite）
又名锈壁虫，吸食用果实汁液，使果实呈茶褐色革质下陷。其防治法同红蜘蛛。
12、赤圆介壳虫（Scale）
吸食叶片、茎及果实的汁液，减低产量和品质。其防治方法：
灭介可、大功臣、一遍净、敌杀死或乐果，每10-15天喷一次，连续三次。
13、果蝇
成熟果实发生，当果实采收后不要把熟果掉在地下以免成为果蝇的食物来源。
14、根流线虫(Rootknot nematode)
疏松的砂质土壤易发生，根部初呈大小肿瘤，继而褐色枯腐，植株营养不良，缺乏水分，生长停滞，易凋萎，叶片转黄，果实小而无味。
15、蜗牛（Snail）
食害幼苗、嫩心和花蕾，每年4-10月间危害最烈。其防治法如下：
（1）选择空旷无杂草处育苗。
（2）早晚时行人工捕捉。
（3）幼苗定植后用大塑料袋围套保护。
（4）每平方公尺内撒聚乙醛、蜗立死（Aritox）10-15粒诱杀蜗牛，蜗牛食用少量即致死，剩余的还继续使用。
16、蓟马
育苗期、新定植时及开花期（花内）易生，注意防治。
17、蚜虫
马拉硫磷、抗蚜威、一遍净、爱福丁。
18、毒蛾
锐劲特、速灭杀丁、敌杀死、除尽。
19、毛虫
乐斯本、敌敌畏。
20、地下害虫（蛴螬、小地老虎、蛞蝓）
敌百虫、乐果、辛硫磷，喷洒或撒施毒土。
