施用农药后，引起烟草发生药害的原因是多方面的，也很复杂。除由于错用、乱用以外，还有下列主要因素可以引起药害。（1）农药药害的产生与农药性质有关。任何一种农药对烟草都有一定的生理作用，不同的农药品种对烟草有不同的反应。一般来说，抗生素类和仿生农药、鱼藤精、除虫菊素、井冈霉素和拟除虫菊酯等，不易引起药害。无机农药或水溶性大、渗透性大的农药，对烟草易引起药害。一般来说，除草剂和植物生长调节剂对烟草产生药害的可能性要大些。因为除草剂防治的对象是杂草等有害植物，这些有害植物与农作物同属于高等植物，故除草剂对农作物是容易发生药害的。（2）药害的发生与不同烟草品种对农药的耐药力不同有关。各品种烟草对农药的耐药力的强弱有着很大的差异。为了防止药害的发生，在选用农药时，首先要分析了解烟草及其品种间对农药的敏感反应程度。（3）药害的发生与烟草不同的生育阶段，对各种农药的敏感度有关。一般说在烟草的幼苗期、开花期等生育阶段和细嫩组织部位比较敏感、耐药力差，容易发生药害。（4）药害的发生与使用的农药质量差、杂质多或贮存过久变质或混杂其它药剂有很大关系。使用质量不好的农药是引起农药药害的重要因素之一。商品农药绝大部分是经过加工制成的制剂，加工质量和加工所用的辅助原料如溶剂、乳化剂、湿润剂和各种填料是否合格或贮存时间过长，贮存条件过差，使药剂变质减效等，这些对能否发生药害都有直接的关系。如乳油的乳化不良，分层，上有浮油，下有沉淀，上下浓度不一致等。此外在加工和销售中，如管理不严、剂量不准、误将药剂相互混杂，而造成大面积药害的发生。（5）药害的发生与温度、湿度和土壤等不良环境条件的差异有关。如高温、阳光、高湿等环境条件的影响，都会使某些农药对某些农作物产生药害。（6）药害的发生与农药不同的加工剂型有关。一般来说，超低容量喷雾剂比可湿性粉剂、乳粉、粉剂容易引起药害，颗粒剂对作物是比较安全的剂型。（7）药害的发生与农药使用方法不恰当，不合理使用，施药控制不严、混用不当，甚至乱用、错用等都有着很重要的关系。这也是当前导致发生药害最常见的原因。如浓度使用过高，药量过多，用药方法不当，施药和拌药不均匀，施药时间不适，或混合使用或者对不同药剂的连续使用的间隔时间过短，甚至稀释用水选用不当等，都会导致烟草产生药害。尽管烟草发生药害是多种多样的，也是比较复杂的，但只要按照科学用药、合理用药的原则，并认真谨慎操作，采取适当的措施，药害是完全可以避免的。
如前所述，造成烟草药害的原因很多，但主要是在使用农药时没有严格按照规定的使用方法和使用技术用药，或者受天气条件的影响等等，而导致发生了药害。因此，防止烟草药害的发生，关键在于科学、正确掌握农药的使用方法。正确掌握药剂的使用方法和技术是防止药害发生最关键的一步。第一，称取药量要准，使用浓度要准，施用药量要准。第二，精心调制和配制。各种农药的相对密度都不尽相同，有的比水重，有的比水轻，稀释时要精心。使用可湿性粉剂时，需先用少量的水把药调成糊状，然后再加足剩余的水稀释，充分搅拌，配好的药液在使用时仍要不停地搅动，以使药液上下浓度均匀一致。第三，稀释农药的水质要好，特别是乳油农药所用的稀释水，要选用江、湖、河水，不能用井水和污水。第四，农药混合要科学合理，连续使用要注意间隔时间。药剂自行混合，要十分小心，一定要了解各种农药的理化性质和对作物的生物反应。根据药剂的特性，正确掌握施药时间和气温等天气情况。施药一般在上午8时到11时，下午3时到7时为宜。中午因气温过高，阳光强烈，多数作物这时的耐药力减弱，容易产生药害，且防治效果亦不理想。注意药剂质量和施药质量。
总之，农药既能有效地防治各种烟草病虫草害，但若施用不当，技术掌握不严，防治目标不明确，药剂特性不清楚等，也可能造成药害。这虽然是一对矛盾，但只要对所使用的药剂的性能、作物抗药力程度和生理特性，以及病虫草害为害的规律等有了比较全面的认识，注意提高施药质量，烟草发生药害是完全可以避免的。
