许多研究表明，根癌病菌可长时间存活在受污染的土壤中，从植株的伤口侵入，随苗木的调运进行远距离传播，是土传、苗传的细菌性病害。根癌菌具有特殊的致病机制，一旦有根癌症状表现，再用杀菌剂将难以抑制植株体的增生，更无法使肿瘤症状消失。因此，根癌病的防治必须要“预防为主，综合防治”。
(1)利用K84菌，防治根癌病桃树田间试验表明，利用K84菌株处理根癌病，可降低发病率百分之90.5；用K84菌剂处理樱桃苗木，可使病发率降低到百分之0.5，而且肿瘤个体明显小于对照区；苹果的室内和温室研究表明，K84菌株对所有供试根癌菌均有显著的抑制作用。果树发芽前后，树下施入K84菌株，每株用量2-3公斤，既有疗效又有防效。生防菌K84、K1026应用广泛，且在生产上有持续长效的有益菌株，它对桃树及近缘的核果类果树的根癌病防治效果优异。
(2)利用“杀菌优”灌根几年来，北京市积极推广300倍“杀菌优”灌根技术，取得了良好防效。使病株恢复正常长势，根瘤逐渐萎缩碳化。研究认为，“杀菌优”是新一代季铵盐型杀菌剂，它可强力吸附于各种细菌、真菌，病毒的表面，改变细胞的通透性，使菌体内的酶，辅酶和中间产物被破坏，妨碍菌类呼吸及糖酵解过程，造成菌体蛋白变质，使微生物失去生存的物质基础并窒息而死。 除上述措施外，还要对苗木进行定植前药物处理，如使用300倍农用链霉素浸根，栽培过程及管理期间要尽量减少人为伤口。对于已经出现症状的植株，应先刮除肿瘤后再用药剂杀菌、保护伤口的方法来减轻危害。
