木耳生产的污染率高是普遍反映的问题，一个是菌种，我们要纯化，母种、原种、栽培种一定不能有杂的，特别是春季制种的时候，我们不提倡用麦粒种，不提倡用稻种，秋季可以用。最好是用棉籽壳种。因为麦粒种和稻种营养比较全面，很容易炸，所以种木耳的时候我们最好提倡锯木屑制种、制原种或原种，或者免植科制栽培种都可以的。这是在制种方面的要求，不能有污染。第二个，在接种的时候，原种接种、栽培接种等，这个接种过程一定要操作严格，不能有污染。有一个污染，最后就会造成菌群污染。产生霉菌的一个很重要的原因是湿度过大，木耳的湿度不能过大，一般是在80%到85%左右，过大以后一个是湿度过大温度高，容易烂耳，烂耳之后就造成污染。所以对木耳的管理的温度、水分一定要控制。温度不能超过25度，超过25度就要采取结膜、开门窗通风等措施。如果温度太高的话，甚至要把木耳放到地板上，用井水、山区的泉水大量浇灌，尽快降低温度。对待菇蚊和菇蝇这个方面，以预防为主，可以在种箱、木耳附近挂浸有敌敌畏的棉球，一定要挂在周围，不能挂在木耳之间，那么菇蚊和菇蝇等嗅到敌敌畏的味道后就会回避，不会再来了。但棉球要经常换，至少一天换一次。这是对菇蚊和菇蝇的防治，另外，如果有条件，门窗可以装防虫网纱或塑料纱，这样对蚊虫的防治有好处。如果有虫子、菇蚊和菇蝇的，一般不提倡治。
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