进入汛期是棉花生长发育最旺盛的时期，也是决定棉花产量与质量的关键时期。但是，此阶段天气变化大、灾害频发，如旱涝、冰雹等较常出现，常常给棉花生产造成一定危害。生产实践证明，要夺取棉花优质高产，进入汛期科学管理是关键。
适期化控进入汛期后，棉株极易发生疯长，引起蕾铃脱落，而及时用缩节胺或助壮素化控可稳定棉株生长，改善株型，多结蕾铃。其方法是：雨季初期棉花初开花时，每亩用助壮素6~8毫升或缩节胺1.5~2克，加水25~28公斤配成60~70毫克/公斤液喷雾。进入雨季中期（约在7月底8月初），每亩用缩节胺3克左右，对水30~40公斤喷施。注意，喷缩节胺不同于打农药，要求每株顶部或果枝顶部着药均匀，水量少，以不滴水为准。一般要求在下午3时以后或在上午10时以前喷施，以防高温蒸发。若喷后遇大雨，应补喷，但用量减半。
控制肥水进入雨季，棉株既长枝叶又增蕾结铃，对肥水的要求达一生高峰，应适时追肥，谨防脱肥早衰。但由于雨季雨水充足，极利于各种肥效的发挥而导致棉株旺长、疯长。为此，追肥要做到：对底肥充足，苗肥量大的棉田，应少施或不施，并注意清沟沥水，严防渍涝；对棉株发育迟缓，红茎到顶，叶小色黄的棉田宜早施并加大肥料用量，如尿素用量为每亩8公斤左右。另外，若发生连续干旱，土壤含水量低于田间持水量的60%时，应适时隔沟浇水。
去赘芽及打顶心由于雨季棉株生长加快，其赘芽也易发生。为此，应于雨停间隙及时将赘芽抹掉。当棉株长至预定株型及果枝数时，为打破和抑制顶端生长优势，减少上部无效果枝对养分的消耗，促进棉铃发育等，应适时（约在7月中下旬）打顶。
及时防治病虫害各种病虫害的发生与否，和雨季雨量状况关系极大。如若干旱就不利于棉铃虫卵的孵化和幼虫发育，但降水多雨量大也会阻碍其卵的孵化，尤其是暴雨对虫卵及初孵幼虫有较强的冲刷作用。倘若雨季降水少而均匀，则利于棉铃虫暴发流行。若雨季降水少、干旱严重，则利于红蜘蛛繁衍危害。相反，若雨季出现连续阴雨，棉株疯长且严重，田间排水不良，棉株极易患枯、黄萎病，同时又引发烂铃病出现等。因此，棉花病虫害的防治，结合雨季的天气情况，合理选择农药，科学防治，方能事半功倍。
及时防治自然灾害进入雨季后，诸如干旱、渍涝、冰雹、大风等灾害极易发生，要在加强防御的基础上，对无法抗拒的灾害，及时采取措施加以挽救，以减轻危害。如对于冰雹危害后的棉田应及时灌水追肥，促其尽快恢复生机，其次是及时整枝打顶、化控，并防治病虫害。对于受涝灾后的棉花，一是及时清理，疏通排水系统，排除积水；其次是中耕松土，及时追肥，增施速效肥，防止脱肥早衰；还要搞好田间调查，适时防治病虫害。
