果桑菌核病是果桑最主要的病害，主要危害桑椹，以菌核越冬，菌核随桑椹落地，次年春季桑树开花时土中菌核抽生出子囊盘和子囊孢子，孢子随风传播侵染桑花，危害果实桑椹。如防治不当，将严重影响桑椹的品质和产量，甚至颗粒无收。必须采取综合措施严格防治。
一、品种搭配种植
目前我国南方主要种植无核大十，品种单一，一旦得病，几乎全军覆没。应适当搭配种植一些其它品种，如红果2号，白玉王，8632，桂花蜜，台湾长果桑，日本果桑富士红，韩国果桑大白珍珠等，这些品种抗菌核病的能力较强，既延长了桑果供应期，又可避免爆发菌核病时导致的毁灭性打击。
二、农业防治措施
1.开沟降湿。园内外沟系畅通，做到雨停田干，无积水，降低田间湿度，减少病菌繁殖机会。
2.翻耕清园。冬季及时清除园内的枯枝败叶，并及时烧毁；夏季注意翻耕除草，埋压菌核；春季再次翻耕，破坏菌核。实验表明，菌核病的发生率随着翻耕次数的增加而急剧降低。
3.剪枝增光。生长季节及时整剪枯枝弱枝，使桑园通风透光，杀灭病原菌，同时可增加枝条间的距离，避免果实相互碰伤，感染病菌。
4.满园覆膜。在果桑开花前，用地膜满园覆盖，切断子囊孢子传播途径，还可以防治杂草滋生，保墒洁园，增加地温，提早桑果上市期。
三、化学防治措施
要求及早施药，防治彻底。第一次用药在3月20日前后桑芽萌动前一星期，用高锰酸钾2000倍液对树体枝条和地面全面喷施。第二次在3月底桑芽刚萌动时，用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或70%甲基托布津1000倍液对树体和地面全面喷洒。以后交替使用菌核净、多菌灵、托布津或速克灵、百菌清等抗菌剂，间隔5～7天喷一次，共喷4~ 5次，直到已有部分桑果由青变红时停喷。期间如遇阴雨天，也要在雨停树枝已干时立即施药。摘果前15天停止喷药。发现病果应及时摘除，带出园外深埋。
