农药剂型不同，种类不同，防治对象不同，施药方法也不尽相同。常用的施药方法主要有喷粉法、喷雾法、熏蒸法、毒饵法、施粒法、种子处理法、土壤处理法、覆膜施药法等10多种。在烟草生产上，常用的施药方法主要是喷雾法、毒饵法、施粒法、熏蒸法、土壤处理法、种子包衣处理法、涂抹法和杯淋法。
喷雾法适用于乳油、乳粉、胶悬剂、可湿性粉剂、水剂和可溶性粉剂。将农药制剂加入一定量的水混合调制后成均匀的乳状液、溶液和悬浮液等，利用喷雾器使药液形成微小的雾滴。雾滴覆盖密度愈大且由于乳油、乳粉、胶悬剂、可湿性粉剂、水剂和可溶性粉剂等的展着性、粘着性比粉剂好，不易被雨水淋失，持效期长，与烟草病虫草害接触的药量大、机会增多，其防治效果也会愈好。
毒饵法是利用害虫喜食的饵料与农药拌合而成，诱其取食，以达到毒杀的目的。麦麸、米糠、玉米屑、豆饼、木屑、青草、树叶和新鲜蔬菜等都可以作为毒饵的饵料。主要用于防治为害烟草幼苗期等的地下害虫，如小地老虎、蝼蛄、金针虫等害虫。
施粒法是抛撒颗粒状农药的施药方法，如施用防治烟草黑胫病的颗粒剂“灭菌宁”等。粒剂的颗粒粗大，撒施时受气流影响很小，容易落地而且基本上不发生漂移现象，特别适用于地面、小田和土壤施药。撒施可采用多种方法，如徒手抛撒（低毒药剂）、人力操作的撒粒器抛撒、机动撒粒机抛撒、土壤施粒机施药等。
熏蒸法是利用药剂产生有毒的气体，在密闭的条件下用来防治烟草病虫草害的方法。如用溴甲烷熏蒸烟草苗床等。
土壤处理法是用药剂撒在土面，随后翻耕入土，或用药剂在烟株根部开沟撒施或灌浇，以杀死或抑制土壤中的病虫害。烟草生产上采用塘施（穴施），如在施用杀线虫剂时，移栽前在烟塘上先施入药剂，并充分拌塘使药剂与塘土混匀。
种子处理有拌种、浸渍、浸种、闷种等方法。拌种法是用一种定量的药剂和定量的种子，同时装在拌种器内，搅动拌和，使每粒种子都能均匀地沾着一层药粉，在播种后药剂就能逐渐发挥防御病菌或害虫为害的效力。在烟草上广泛应用的是种子包衣处理法。在烟草种子上包上一层由杀虫剂或杀菌剂等外衣，以保护种子和其后的生长发育不受病虫的侵害。目前我国中国农业大学和江苏吴县农药厂已试制成多菌灵多种种子包衣剂。
涂抹法在施用烟草抑芽剂时常常被采用。涂抹法是用毛笔或其它工具将药液直接涂抹到所需施药的部位，以防止药液流到植株的其它部位引起药害或其它有害作用。涂抹法用药量低，施药部位准确，能够经济有效的达到施药的目的，但相对费工费时。如施用烟草抑芽剂时，用毛笔醮药液后直接涂抹到腋芽上。
杯淋法也是在施用烟草抑芽剂上应用较多的一种施药方法。如烟株封顶后施用抑芽剂时用杯子或瓶子等容器将药液从烟株顶部沿着烟杆向下淋药液，使药液达到每一个腋芽，以达到抑芽的效果。杯淋法较涂抹法用药量大，但省时省工。
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