红豆杉扦插两个月后，苗茎基部发生茎腐，开始是个别株致病，随后扩展成整簇致病。主要发生在夏秋季高温季节。病害发生和流行主要取决于7月~8月的气温，如果发病较早，苗木抗热能力弱，故发病将重。
因此，在夏秋之间降低苗床土壤表层的温度，防止灼伤苗木茎基部，以免造成伤口导致病菌侵入；增施肥料，促进扦插苗生长，增强抗病能力。采用五氯硝基苯+敌克松粉剂以0.5%%的浓度混合兑水浇灌，防治效果达89%%，多菌灵+甲基托布津可湿性粉剂以0.4%%浓度混合兑水浇灌，防治效果达83%%。
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