（1）百合叶枯病又称百合灰霉病，是一种普遍发生的病害。主要危害叶片，也可侵染茎、芽和花。叶上病斑圆形、椭圆形，大小不一，浅黄色至浅红褐色，呈水渍状。温暖潮湿情况下，病斑变薄且脆，浅灰色，呈半透明状，严重时可引起全叶枯死；茎部受害变褐或出现缢缩，致使植株折倒；幼株受侵染时茎叶生长点变软，腐败死亡；花蕾受害初期出现褐色小斑点，随后扩展引起花蕾腐烂。潮湿情况下，病部产生大量灰色霉层。病菌主要以菌核遗落在土壤中，以菌丝体在病残体上越冬。翌年春季，越冬后的菌丝体在病部或在菌核上长出灰色霉层，分生孢子通过气流传播引起初次侵染。田间植株病部上的分生孢子由风雨传播，迅速扩展蔓延。此菌生长适温为22～25℃，一般6月上旬雨水多，雾露重，田间RH90%时病害蔓延较快。
（2）百合病毒病病株表现花叶、浅绿、深绿相间的斑驳。病重植株明显矮化，鳞片较短，有的出现褐色和坏死斑。据调查，病毒病的发生与种子的来源有很大的关系，一部分本地留种没有脱毒，另一部分从荷兰引进的，种球价钱很高，但仍然病毒很严重，种植的百合病毒病一般在30%以上。
（3）鳞茎基腐病主要危害百合植株茎基部，影响植株生长，导致全株死亡。此病在很多地区发病较普遍，发病率一般为10%～15%，高则达10%～30%。通常在植株开花时开始发病，植株基部变暗褐色腐烂，叶片下垂变黄，最终导致死亡。病菌在土壤中随病残体越冬，成为病害的初侵染源。土壤淹水、粘重、施用了未充分腐熟的肥料，以及线虫和地下害虫的危害等原因易引起发病。此菌要求较高的温湿度，所以，常在植株生长中后期、气温升高、连续阴雨后转晴时病害突然发生。
（4）百合叶尖干枯病此病发生较普遍，主要危害叶尖，受害叶尖变黑褐色坏死或干枯并不断向叶片基部扩展蔓延。叶片中间受害，形成纺锤形或椭圆形病斑，边缘褐色或红褐色，中央灰白色，病部上散生许多小黑点。病菌在病残体或田间病株上越冬，第2年借风雨传播，从伤口侵入或表皮侵入，造成田间发病。此病在6月份开始发病。肥水管理不好、植株生长衰弱的易发病。
（5）百合疫病又称百合脚腐病。在雨水多的年份发病较重，导致茎叶腐烂，植株倒伏，影响鳞茎产量。主要危害茎和叶片，叶片上产生水渍状灰绿色至褐色大斑，无明显边缘。发病严重时，花、鳞茎呈现出水渍状褐色斑，腐烂，天气潮湿时病部长出稀疏的白色霉层。茎部和茎基发病，初为水渍状、褐色皱纹条纹斑，逐渐向上、下扩展，导致茎部腐烂，植株枯萎折倒，有时嫩叶茎顶端发生枯萎。病菌随病残体组织遗留在土壤中越冬，第2年春节条件适宜时，侵染寄主引起发病。降雨多，空气，土壤湿度大时，病部发生大量孢子囊，通过雨水飞溅引起再侵染。
