双孢菇出菇期对菇的一生影响很大，在双孢菇的整个生育期中占有重要的地位。由于温度、湿度、通风、培养基、覆盖物等原因，易使双孢菇产生生理病害，导致幼菇菇体畸形，甚至死亡，品质下降，产量降低，造成不可挽回的损失。找出生理病害的成因，采取预防措施十分必要。
死菇主要原因有①出菇密度大，营养供应不足。②高温高湿，室内二氧化硫浓度过高，幼菇缺氧死亡。③机械损伤，在采菇时，周围小菇受到碰撞。④培养基过干，覆土含水量过小。⑤幼菇期或低温季节喷水量过多，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。⑥用药不当，产生药害。⑦秋菇遇寒流侵袭或春菇棚温上升缓慢，造成温差过大，导致死亡。⑧秋末温度过高（超过25℃），春菇气温回升过快，连续几天温度超过20℃，适合菌丝体生长，菌丝体逐渐，恢复活性，吸收大量养分。易导致已形成的菇蕾产生养分倒流，使小菇因养分不足而成片死亡。⑨病原微生物侵染和虫害，螨、跳虫、菇蚊等泛滥。
畸形菇主要原因有：①覆土过厚、过干，土粒过大，对菇体产生机械压迫。②通风不良，室内二氧化碳浓度过大，出现柄长易开伞的畸形菇。③冬季室内燃煤加热，因二氧化碳浓度超量产生的瘤状突起。④药害导致的畸形。⑤水分与温度不协调而引发菌柄开裂，裂片卷起。⑥料内。覆土层含水量不足或空气湿度偏低，出现平顶、凹心或鳞片。
薄皮菇症状为菌盖薄，开伞早，质量差。主要原因有：①培养料过薄、过干等。②覆土过薄，含水量不足。③出菇期遇到高温、低湿、通风不良。④出菇密度大，温度高，湿度大，子实体生长快，成熟早。
硬开伞症状为提前开伞甚至菇盖和菇柄脱离。主要原因有：①气温骤变，菇房出现10℃以上温差及较大干湿差。②空气湿度高而上层湿度低。③培养基养分供应不足。④菌种老化。⑤出菇太密，水分调节不当。
地雷菇结菇部位深，甚至在覆土层以下，往往在长大以后才被发现。主要原因有：①培养基过湿、过厚或培养基内混有泥土。②覆土后温度过低，菌丝未长出土层便开始扭结。③水分过大，产生“漏料”，土层与料层产生无菌丝的“夹层”，只能在夹层内结菇。④通风过多，土层过干。
红根菇菌盖颜色正常，菇脚呈红色或发绿色。主要原因有：①用水过量，通风不足。②肥害和药害。③培养料偏酸。④采收前喷水。⑤运输中受潮、积压。
水锈病表现为子实体上有锈色斑点，甚至斑点连片。主要是因为床面喷水后没有及时通风，出菇环境温度过高或过低。子实体上水滴滞留时间过长所致。
空心菇症状为菇柄切削后有中空或白心现象。主要原因是气温超过20℃时，子实体生长过快，出菇密度大，空气湿度在90%以下，覆土偏干，菇盖表面水分蒸发量大造成的。
磷片菇气温偏低，菇房湿度小，空气干燥，因喷水等原因室内湿度突然升高，菌盖便容易产生磷片。有时磷片是一些品种的固有特征。
玟冠病菇体表面产生多孔状粉红色菌褶组织，呈小疣状或蜂巢状，病菇粉红色或玫瑰色。通常是由烃类、酚类化合物等污染的覆土、水或空气造成的。
