近几年来，随着设施栽培和保护地面积的不断增大，温室蔬菜已成为农业增效、农民增收的一项支柱产业。但由于受传统和习惯的影响，保护地蔬菜中化肥的投入超量使用，使棚室土壤环境恶化，危及到温室蔬菜的可持续发展和无公害蔬菜生产。近几年来，随着设施栽培和保护地面积的不断增大，温室蔬菜已成为农业增效、农民增收的一项支柱产业。但由于受传统和习惯的影响，保护地蔬菜中化肥的投入超量使用，使棚室土壤环境恶化，危及到温室蔬菜的可持续发展和无公害蔬菜生产。因此如何正确选择与使用肥料是当前温室蔬菜生产中亟待解决的问题之一。加入WTO以后绿色蔬菜的生产是摆在我国菜农面前的一个大问题而如何减少温室蔬菜的农药污染又是解决这一问题的关键之一。
选好种苗
减少温室蔬菜发生病虫草害的数量和机会，从而少用农药，减轻污染。首先，要选用经过严格检疫的种苗，防止危害性病虫草害的传播蔓延。其次，多选用抗病品种和抗虫品种。再次，种子在育苗前要进行温汤浸种，防止病虫害通过种子传入温室。
土壤处理
目前，一个最经济、有效、方便的办法是利用棚室高温进行土壤消毒：每年8月，温室闲置的时候，每亩温室可施入碎稻草1500公斤，钙30~60 公斤(土壤PH＜6.5时)或硫酸铵30~60公斤(PH≥6.5时)，然后将土壤深翻，再整成宽60~70厘米，高30厘米的土方。废弃的棚膜盖在土方上，并在土方之间的沟内灌水，直到浸透土方为止，密封温室大棚7天以上，可有效杀灭土壤中的各种病虫害。
苗后防治
物理防治：如棚菜电子病虫害防治仪，仪器采用微波与臭氧相结合的杀虫方式，可快速杀灭蔬菜上的病毒、细菌、真菌、害虫，效果十分显著。
使用生物农药：BT乳剂防治鳞翅目害虫幼虫；阿维菌素类农药防治害螨、斑潜蝇、小菜蛾、菜青虫等；释放丽蚜小蜂防治温室白粉虱；释放七星瓢虫防治蚜虫等。
使用天然农药：①辣椒(越辣越好)0.5公斤，加水50公斤煮15分钟后，去渣，向提取液中加0.1公斤普通洗衣粉，对水50公斤搅匀即可，豆类和瓜类上慎用。②将鲜丝瓜加少量水捣烂后，去渣留液，将母液以7:23的比例加水，再放入少量肥皂液，搅匀后喷雾，瓜类、豆类慎用。③其它防治方法如生态防治、农业防治等。
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