柠檬果实贮藏期间的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、绿霉病，炭疽病；生理性病害主要有：干疤和水肿。
⑴蒂腐病：分为褐蒂腐和黑蒂腐两种，其症状相似，但褐蒂腐病斑与健康组织间无明显界限，后期有发酵味。黑蒂腐病斑与健康组织间有明显界限，后期有恶臭味。病菌从果蒂处侵入果实组织，初期病斑为水渍状，病斑不断扩大，逐渐变为褐色或黑色，腐烂穿过果实中心的速度比沿果皮发展快。在多雨潮湿的产区或年份发生尤为严重。
⑵黑腐病：最初症状是果蒂变黑，病菌沿果实中柱向下发展，凡菌丝所到之处，即变黑腐烂。在果实生长发育期间，黑腐病菌多存在于果蒂处，在果蒂组织被破坏之前，不能侵入柠檬组织内部。任何使果实衰弱的条件如不适的环境、采收过迟或长期贮藏都会增加果实对黑腐病的敏感性。
⑶绿霉病：是指青霉菌和绿霉菌所致的两种贮藏病害。其发病过程和症状相似，初期果皮表面变软，出现水渍状斑，随病斑的扩展病部长出白色菌丝，很快转变为青色或绿色的霉层，从开始发病到全果腐烂只需1-2周。病菌通过分生孢子靠接触或随气流传播。从伤口、裂口侵入，故最根本的防止措施是减少机械损伤。世界上所有商品性的柑橘产区，青、绿霉病都是造成采后腐烂最普遍的原因。
⑷酸腐病：最初症状是微凸的水渍状浅黄色至黄色斑点，病菌主要在果实内部生长，到后期，果实内部组织全部分解成酸味的水渍状的胶粘物。在24-29℃下，从侵染到全果腐烂只需5天，相邻的果实也会接触感染，病菌从伤口入侵。
⑸炭疽病：发病开始于蒂端，最初的外部症状是灰色至褐色斑点，以后斑点迅速扩大，有时延及整个果实。在潮湿条件下，表面出现粉红色孢子，以后孢子群变为褐色至黑色，直到后期病菌才侵入果肉深处。主要感染宽皮橘类，柠檬果实偶有发生，潮湿的地区和年份发病严重。病菌在果园的枯枝或弱枝上生长，并从那里传播至果实，通过果皮破裂处或枯死的果蒂进入果实内。
以上病害的防治方法：除作好采后处理，可用药物防治。方法如下：
①噻苯咪唑(特克多、TBZ)和苯来特(苯菌灵)：是最有效的采后杀菌剂，可有效地控制蒂腐病和青、绿霉病，对炭疽病有一定效果，但对酸腐病和黑腐病无效。这两种杀菌剂均微溶于水，常配成蜡-水混合液或水的悬浊液使用，处理时须不断摇动悬浊液，以保证药液均匀一致。使用浓度分别为：噻苯咪唑1?000mg/L，苯来特600mg/L，采后浸果3-5分钟。
②邻苯基酚钠(SOPP)：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病也有一定的效果，尤其用于橙类更为有效。使用pH值为11.5-12.0的2％邻苯基酚钠水溶液药效最高，故常用的配方是：2％邻苯基酚钠+0.2％NaOH+1％六胺，也可用1％邻苯基酚钠蜡水溶液。
③仲丁胺：可控制青、绿霉病，对蒂腐病的效力较低，对酸腐病和炭疽病无效。仲丁胺为液体，沸点63℃，可作为库房熏蒸剂(25-200mg／L，V／V，42h)，也可配成1％-2％水溶液作浸果处理。
④联苯：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病无效。是一种蒸气态杀菌剂。常用的方法是：将可渗性包果纸按2.35g：1张(27.9cm×43.2cm)的比例用联苯浸渍，制成联苯包果纸。也可把联苯溶于石蜡油(或矿物油)里制成联苯-石蜡混合液，涂在纸片上制成联苯衬垫。
在国内，目前生产上常用的防腐剂还有托布津(1000-2000mg／L)、多菌灵(800-1000mg／L)、抑霉唑(500mg/L)、碳酸氢钠(2％)等。
生理病害
⑴褐斑病(干疤)：多在贮藏中期至后期发生。初期症状为浅褐色不规则斑点，以后颜色变深，病斑扩大，在低温下发展成为以蒂部为中心的、不规则的环形病斑。病斑处油胞破裂。凹陷干缩，部位仅限于外果皮。多数认为这是一种低温失调的生理病(Brooks&Mccolloch1936；李沛文，1977)。在低温低湿下贮藏，发病尤为严重。在贮藏上通过适当晚采、高湿、低O2和高CO2避免贮温过低等措施，来控制和降低褐斑病发病率。
⑵水肿病：初期果皮变淡，局部果皮出现不规则、半透明的水渍状斑，食之有煤油味。病情严重后整个果实为半透明水渍状果，松软，易剥皮，食之有浓厚的酒精味。若继续贮藏，则被其它致病菌侵染而腐烂。大量试验表明，贮温过低和通风换气不良使CO2积累过多，会导致水肿病的发生。只要两个因子中的任何一个存在一定时间后就会导致水肿病发生，两种因子同时存在时则发病更早、更严重。所以防治柠檬果实水肿病应注意防止贮温过低或波动过大，同时加强管理，注意通风换气。
