复合生物肥料是指含有多种有益微生物的生物制品。这种肥料的优点是作用全面，即可改善作物营养，又能促生、抗病，还能增强土壤生物活性。同时各菌种间又能相互促进。所以复合生物肥料的适应性和抗逆性都很强，且肥效持久、稳定，是今后生物肥料发展的方向。
现有研究将一种微生物与其他营养物质复配的复混微生物肥料，如与大量营养元素、微量元素、稀土元素或植物生长调节剂混合等，但无论哪种复配方式，都必须注意复配制剂中的pH、盐浓度或复配物本身都不能影响微生物的存活，否则，这种复配就会失败。
多种菌种复配时，必须注意其中的各种微生物彼此之间没有颉颃作用，且最好有促进作用；除选用多种菌种组合外，最好还要选用同一菌种中具有侵染力强、结瘤率高、固氮效率高、适应性强、繁殖速度快、抗逆性强等优点的多种菌株，以取长补短，互相促进。目前我国的多种复合生物肥料均属于此类。
复合菌肥只有在满足各种有益微生物生长发育的条件时，如有机质丰富、适量的磷肥、适宜的酸碱度和水分、温度等，才能充分发挥其增产作用。
复合菌肥可作基肥或追肥。施用时最好将菌液接种到有机肥料中，混匀后再用；也可将菌液接种到少量的有机肥料中堆沤1周左右，再参入大量有机肥料施用。但拌后要立即施用，堆放过久则会造成养分损失。
目前微生物肥料的发展正在由豆科接种剂向非豆科用肥方面发展；由接种剂向复合生物肥方面发展；由单一菌种制剂向复合菌种制剂方面发展；由单一菌种制剂向复合菌种制剂方面发展；由单功能向多功能方面发展；由无芽孢菌向芽孢菌种方面发展。可以预计，微生物肥料将在今后的持续农业发展中发挥更大作用。
