辣椒是需要肥料较多、吸肥量较大的一种作物。据有关研究结果，生产2000公斤辣椒需要吸收氮10.38～11.60公斤， 磷 1.16～2.20公斤，钾12.92～14.80公斤。试验证明，对辣椒施肥应适量多施氮，其次是钾，磷可少施。氮多、钾中、磷少的施肥方案，比氮磷钾等比的增产24.9％，比氮中、磷少、钾多的增产26.8％。
科学合理的施肥方法，首先要测定土壤中的各种有效养分含量，算出土壤可供养分量；再将获得一定产量的辣椒所需吸收的养分含量，减去土壤可供养分量；最后根据不同肥料的养分含量及其吸收利用率计算出氮磷钾肥所需施用量。这就是较为先进的测土配方施肥。没有条件测土，又极少农家肥的地方，要获得辣椒高产，我们建议一般每亩应施氮磷钾复合肥50～60公斤，钙镁磷肥50公斤左右，尿素15～25公斤，硫酸钾或氯化钾10～20公斤(或草木灰 200公斤)。具体施肥量依据土壤肥力增减。其中钙镁磷肥迟效，在土壤中移动性差，又极易被土壤固定，应全部作基肥，并集中沟施。尿素易烧根又容易流失只能少量 (一般5公斤／亩)作基肥。钾肥也很容易流失，而且辣椒结果期大量吸收钾，钾肥可促进果实膨大，所以钾肥主要在结果期作追肥用。复合肥多用作基肥。若是地膜覆盖栽培，总量的80％以上作基肥；不盖地膜的保肥性好的黏性土50％～60％作基肥，漏肥的沙性土30％～40％作基肥。
除氮磷钾外，辣椒还需要多种营养元素。农家有机肥养分完全，还可以改良土壤，所以种辣椒施用农家肥好。没有农家肥的，可购买生物有机肥，它所含的活性菌有固氮、解磷、解钾作用，即把空气中的游离氮固定于土壤中，把土壤中作物不能利用的磷、钾转化为可利用态，肥效高，无污染，施用后作物病虫害减少，产量和品质提高，如果完全用化肥种辣椒，除常规施肥外，还需叶面喷肥，主要是补充它需要的硼、锌、铁、铜等微量元素，可选用高产宝、喷施宝、植物动力2003、广增素等叶面肥，喷施3次，一般增产15％以上。
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