依靠自然循环补充微量元素已无法适应现代农业高产稳产的需要，合理补充在自然循环中造成的不平衡已是不可或缺的重要手段。中国农科院土壤肥料研究所张树清博士提醒，合理施用微肥必须注意以下问题。
根据土壤的具体情况，测土施肥，有的放矢。测土是施肥的前提，搞好土地勘查是科学施肥的基础，应根据土壤中微量元素的丰缺程度来决定是否需要施用微肥，过量施用不仅会造成肥害，还会污染环境。
针对不同植物的敏感元素，突出重点。不同作物对各种微量元素的需要有差别，敏感程度也不相同。如油菜、大豆、花生根系作物以及果树、蔬菜等对硼敏感；水稻、玉米对缺锌比较敏感，而对锰肥则反应较差；小麦对缺锌不敏感，而对锰肥比较敏感。掌握不同植物的敏感元素，对症下药，是最经济的施肥手段。
根据农作物的生长特性，适时适量施肥。适时施肥，就是在农作物对某种微量元素需要量最大的时期施肥，才能收效最大。
一般情况下，微肥可采用拌土撒施或沟(条)施；亦可进行种子处理，如配制0.05%～0.1%的溶液拌种；移栽作物时也可用含微量元素的悬浮液蘸根蘸秧处理：后期或苗期补肥，可配成0.05%～0.5%的溶液叶面喷施。
不同微肥、不同使用方法其施用浓度不同。同时，还须注意，不同农作物所需的敏感元素不同，科学安排轮作是防止某种微量元素奇缺的有效手段。
另外，为了提高肥料效率，单一化肥的用量越来越少，含多种元素的复合肥越来越多。但现有的复合肥厂，只是简单的将各种元素的无机盐按比例混合加入，完全忽略各元素间的副反应。这样虽然加入了不少微量元素，但真正能为农作物吸收的却很少。为了防止各元素间不良副反应和拮抗作用，除了严格测土施肥外，还应根据不同农作物配制不同的全元素复合肥，同时将微量元素生成螯合物，才可有效地防止相互间的不良副反应和拮抗作用，提高微量元素的利用率，减少肥料的流失。
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