在微生物肥料的生产应用过程中，为了达到提高使用效果，一些研究者在复合剂型上做了一些研究，近几年陆续开发、推出不少复合微生物品种。从实用角度出发，采用复合的方式应该是提高微生物肥料效果的一个途径。所谓的复合是指两种或两种以上的微生物或一种微生物与其他营养物质复配而成。此类产品虽然在生产中出现的历史不长，但产品种类较多，所占的市场份额在增加，应用的作物种类和地区广泛。目前，这类产品中的许多品种不够成熟，有待做更深入的研究和试验。复合是微生物肥料研制、开发的一个方向。
(一)复合微生物肥料类型
①菌+菌的复合微生物肥料：是由2种或2种以上微生物复合而成。它们可以是同一个微生物菌种的复合，如同是大豆根瘤菌的不同菌系(或血清组、DNA同源组)分别发酵，吸附时混合。用于使用不同大豆基因型的地区，或用于不太明确使用豆科作物品种的地区，应用后利于菌系-品种的不同组合；也可以是不同的微生物菌种，如固氮微生物、解磷微生物和解钾微生物分别发酵，吸附时混合，以增强微生物肥料功效。应用的前提是所采用的两种或两种以上的微生物之间无拮抗作用，而且必须分别发酵，然后混合。
②菌+各种营养元素或添加物、增效剂的复合微生物肥料：采用的复合方式为菌加大量元素，即菌和一定量的氮、磷、钾或其中的1～2种复合；菌加一定量的微量元素；菌加一定量的稀土元素；菌加一定量的植物生长激素；有用畜、禽粪便、生活垃96 中国种植业大观·肥料卷圾、河湖污泥作为主要基质的。无论是哪一种方式，必须考虑到复合物的量，复合后制剂中的pH和盐浓度对微生物有无抑制或复合本身可能抑制微生物的存活，否则这种复合就会失败。
(二)复合微生物肥料的生产应用
二种或二种以上的复合微生物肥料的生产，必须强调分别发酵，然后混合制成产品。这是因为不同种类的微生物所需的营养和培养条件各异，繁殖代时的长短不一，所以不同微生物必须分开培养，才能确保每一种菌的数量和比例。对于菌与营养元素的复合，必须符合有关的国家标准，标定营养和实际营养成分一致。这类产品目前多制成颗粒状产品，要避免造粒过程中温度过高对微生物产生的影响。
由于复合微生物肥料综合了二种或二种以上微生物的优点和特点，理想的复合可达到叠加的效果，因而这类微生物肥料适应作物种类和使用区域较广。但需注意科学、合理、有目的的复合，开发出效果好又稳定的复合菌剂，为农业的生产应用作出应有的贡献。
目前，这一类产品突出的问题是其中的有效菌种类和数量的不稳定性，原因是二种或二种以上的微生物菌种复合到一起后，产品中的有效菌会出现复杂的动态变化。如何控制这一类产品的质量，保证产品使用效果，是复合微生物肥料研制应用迫切需要解决的课题。（摘自中国种植业大观·肥料卷）
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