大棚栽培蔬菜与常规露地栽培蔬菜有所不同，如果施肥不讲究科学，不仅会影响棚菜的产量和品质，而且会造成棚土盐渍化。因此，大棚蔬菜施肥是很有讲究的，主要应注意以下五点：
一、增施有机肥 有机肥能改良土壤结构，增加土壤有机质的含量，分解时还可产生二氧化碳，十分有利于大棚蔬菜的生长发育，增加产量，提高品质。一般每亩应施优质有机肥不少于5000公斤，并且要尽量多施一些热性肥料，如骡粪、马粪、羊粪等。
二、选用适宜的化肥种类大棚土因不受降雨的影响，盐分不能随雨水流失或被淋溶到土壤深层中去。如硫酸铵、硫酸钾、氯化钾等肥料施入土壤后，会分解出硫酸根离子、氯离子等，这些离子不易被作物吸收利用，而存留在土壤浅层，使土壤溶液浓度升高，影响蔬菜的生长发育，降低品质。所以，大棚蔬菜施用化肥时，宜选用磷酸二铵、磷酸铵、硝酸铵、过磷酸钙、尿素、磷酸二氢钾等。
三、不要施新鲜人粪尿新鲜的人粪尿施入大棚后，由于棚内温度较高，新鲜人粪尿会很快腐熟万解，初期产生的尿素及无机盐类会使土壤溶液浓度升高，从而影响蔬菜对水分和养分的吸收。新鲜人粪尿还能产生大量氨气，毒害蔬菜，进而发生烧苗现象。另外，新鲜人粪尿中还含有对人体有害的病虫，直接使用会影响人体健康。因此，人粪尿必须经过8～10天发酵腐熟后才能施用。
四、氮肥要深施 氮肥要深施并覆土，这样可以减少与空气的接触机会，避免氮肥的挥发。同时，氮肥深施，还能减少蔬菜对硫酸盐的积累，提高氮肥利用率。一般氮肥施用深度应在10～14厘米以下，并要求施后立即覆土。
五、施用化肥要适量大棚蔬菜一次施肥过多，不仅造成浪费，而且还会使土壤盐分浓度升高，养分倒流，危害蔬菜。棚菜的施肥量应根据土壤类型、蔬菜品种等的不同灵活掌握，一般每亩一次施用化肥的数量为：硝酸铵沙壤土15公斤，壤土或黏土18公斤；尿素沙壤土10公斤，壤土或黏土12公斤；基施过磷酸钙沙壤土40公斤，壤土及黏土 15公斤；磷酸二铵沙壤土25公斤，壤土及黏土35公斤。
