在番茄生产中，应对番茄进行配方施肥。生产100公斤番茄需要氮0.4公斤、磷0.45公斤、钾0.44公斤。按亩产5000公斤计算，定植前苗施优质有机肥2000公斤、硫酸铵15公斤、过磷酸钙50公斤、硫酸钾15公斤做基肥。第一穗果膨大到鸡蛋大小时应进行第一次追肥，苗施硫酸铵18公斤、过磷酸钙15公斤、硫酸钾16公斤。第三、四穗果膨大到鸡蛋大小时，应分期及时追施“盛果肥”，这时需肥量大，施肥量应适当增加，每次每亩追施硫酸铵29公斤、过磷酸钙18公斤、硫酸钾20公斤。每次追肥应结合浇水。在开花结果期，用0.1%-0.2%磷酸二氢钾加坐果灵进行叶面喷施。设施栽培的番茄，比露地栽培的要多施有机肥，少施化肥，并结合灌水分次施用，以防止产生盐分障碍。
针对目前设施番茄氮磷化肥用量普遍偏高，造成土壤中氮、磷养分积累，氮、磷、钾养分供应与蔬菜需求的比例失衡，造成土壤质量、蔬菜品质下降等问题，在种植过程中应遵循以下几个原则：
1、依据土壤肥力条件，综合考虑环境养分供应，适当减少氮磷化肥的用量。
2、老菜棚注意多施含秸秆多的堆肥，少施鸡粪、鸭粪等禽类粪肥，这样可以恢复地力，补充棚内二氧化碳，对除盐、减轻连作障碍等也有好处。
3、早春温度低，土壤养分供应慢，前期追肥要跟上，5月份以后减少氮肥追肥，增加钾肥的使用；初秋温度高，土壤有机养分供应能力强，以控为主，不要追肥。
4、推荐施肥应与合理灌溉紧密结合，建议采用膜下沟灌、滴灌等，每次每亩灌溉不超过30平方米，沙土不超过22平方米。
5、对于越冬长茬的番茄，利用夏季休闲可以种植甜玉米，做到合理轮作，克服连作障碍。
