杂交水稻施肥原则应是有机肥、磷化肥作基肥，钾化肥主要作分蘖肥，氮化肥采用多次匀施，特别注意好壮苞、壮籽肥，在足穗的同时，攻大穗大粒。
（1）基肥以有机肥为主
据测定，杂交稻的总吸肥量有50%-60%的氮素和70%的磷、钾来自土壤，施肥不足就会过多消耗土壤潜在养分而降低地力，增施有机肥是维护和提高地力的重要途径。因此，杂交稻生产要强调积制土杂肥，发展养殖业多施栏肥、多种绿肥，推广撩穗收割和稻草还田等，使有机肥施用量占全期施肥量的40%。
（2）适量早施分蘖肥
由于杂交水稻根系活力强，插后新根发生较快，一般早稻在插后5天，晚稻在插后3天，即可追施尿素等促进分蘖，分蘖肥宜分次施用，第一次每亩施尿素6-7.5千克；隔7天左右，根据苗情，对生长差的田块，补施第二次蘖肥,亩用尿素4千克以内;对施有机肥少和缺钾肥的田块,每亩追5-7.5千克钾肥。
（3）看苗施用穗肥
穗肥因施用时期和作用不同，可分为促花肥和保花肥。凡是前期施肥适当、禾苗长势平衡的, 一般应以保花增粒为重点,只施保花肥而且施用量不宜过多，一般每亩施用尿素2.5千克左右。如果前期施肥不足，群体苗数偏少，个体长势效差，那么促花肥与保花肥都可施用，每次每亩可施用尿素5千克。杂交水稻对钾肥需求量大，晒田复水后结合追施氮肥 ，每亩追施工2.5千克左右钾肥，增产效果显著。
（4）看苗施用粒肥和叶面追肥在始穗前禾苗叶色过淡的，每亩撒施2-2.5千克尿素，齐穗后过早落黄的田，每亩施尿素2.5--3千克，生长正常的杂交稻，只宜用500—750千克尿素兑水50千克喷雾作粒肥。由于杂交稻后期对磷钾的吸收量较高，因此后期施叶面肥有良好的增产作用。在始穗前4-6天或齐穗后勤部2-3天用磷酸二氢钾150-200千克兑水50千克对生长差的禾苗喷施，有增强植株抵抗高温或低温的能力。
