用于椪柑果树的肥料分有机肥和无机肥，还有复合肥以及微生物肥料。
1、有机肥
包括人、畜、禽粪尿以及厩肥、麸饼肥、堆肥、绿肥、各种动植物残体做成的肥料、泥肥、沼气液肥和果渣肥等肥料。通常有机肥不能直接被椪柑利用，但施入土壤经微生物分解，产生形态简单的各种无机化合物，释放出各种有效态的养分，可为椪柑果树吸收，同时还产生腐殖质。腐殖质是土壤重要组成部分，它是一种有机胶体，含有碳、氢、氧、氮、磷、硫、钙、镁、钾等各种元素。它在土壤中与无机胶体结合成为有机、无机胶体混合物。土壤中腐殖质含量多少是土壤肥力高低的重要标志。
常用的有机肥料有：
（1）人粪尿：人粪尿含有较高的氮，有机质含量丰富，但磷、钾较少。新鲜人粪尿不能直接为椪柑果树吸收，还会发生有害作用，用作追肥要经沤制。红壤土中长期使用会使土壤中的石灰变成氯化钙流失，使土壤酸度增加。
（2）家畜粪尿与厩肥：家畜粪尿有机质含量高，通常氮、钾含量高，磷较少，尤其适合结果前的幼树施用。猪粪尿肥效持续长，常称暖性肥料；牛粪腐熟较慢，属冷性肥料；鸡粪含氮、磷、钾，是人畜禽粪中含量较高的一种，性较烈，需经堆沤才可施用。最好把上述几种制成厩肥，也可将畜、禽粪与人粪尿混沤为水肥。厩肥分解缓慢，肥效持久，施后可改善土壤理化性状，增加土壤保肥、保水能力。尤适椪柑的越冬基肥。
（3）麸饼肥：属完全肥料，含氮、磷、钾比例适当，还含其他成分，系椪柑最好的肥料。麸饼肥有花生麸、桐子麸、茶子麸、菜籽麸和大豆饼等。花生麸、菜籽麸肥效较快，其余的较迟。麸饼肥常用作基肥，用作追肥应粉碎或发酵后施用。
（4）堆肥：堆肥是作物残体、杂草、草皮泥、垃圾、绿肥、石灰、人粪尿等，经高温发酵堆制而成，是良好的有机肥料。
（5）绿肥：绿肥是椪柑果园改良土壤，培肥地力的主要肥源，含有丰富的有机质。
2、无机肥
无机肥料种类多，其成分通常是铵、钾、钙、钠等盐基和硝酸、磷酸、碳酸或氯等酸根化合而成的各种无机盐类。有氮肥、磷肥、钾肥、钙肥、镁肥和微量元素肥（微肥）等。
无机肥（化学肥料），易溶于水或弱酸，易被椪柑吸收利用，可供速效性的氮、磷、钾，肥效快，使用方便。但施用不当会影响植株生长，使土壤变坏（板结）、变酸、变碱。
（1）尿素：尿素含氮量46％，中性，易溶于水，施入土中转化为碳酸铵，属速效性肥，常作追肥用。一般土温10℃时，尿素转化为碳酸铵需7～10天，20℃时需4～5天，30℃时只需2～3天即分解完。对土壤无副作用，但因其吸收后生成的副成分碳酸对根系生长不利，因此不能深施。
（2）硫酸铵：硫酸铵含氮20％，酸性，易溶于水，肥效快，施后为土壤胶体所吸附或铵离子很快被吸收，宜作追肥。施用过量变成硝态氮过多，易流失。长期使用会使土壤酸化，对酸性土避免多用连用。注意施用时不能与石灰、草木灰、钙镁磷肥、石灰氮等碱性肥料混用，避免氮的损失。
（3）碳酸氢铵：含氮量17％，碱性，性质极不稳定，是易挥发出强烈刺鼻、熏眼的浓氨臭味。易溶于水，在水溶液中分解出铵和碳酸根离子，均能被根吸收，系速效氮肥，作追肥时一定要开深沟施，施后马上盖土。可与过磷酸钙混合使用，但不能与碱性肥混合、不能与根接触，以免氮素损失、烂根。
（4）过磷酸钙：含有效磷14％～20％，强酸性肥，能溶于水，是速效肥。由于施后易与土中石灰、铁、铝化合成不溶性。为发挥其肥效，可与堆肥等有机肥混合施用，常用作基肥。
（5）硫酸钾：含氧化钾50％，是生理酸性肥料，易溶于水，速效，施入土壤后钾离子可被根直接吸收利用，也可被土壤胶体吸附，但连用、多用会使土壤酸化。鉴于椪柑是忌氯作物，一般不施用氯化钾。硫酸钾与堆肥、过磷酸钙混合施效果更好。
3、复合肥
凡含有氮、磷、钾三要素中两种或两种以上的肥料称复合肥。有化学合成的复合肥，如磷酸铵、磷酸二氢钾等；配合复合肥（包括缓效复合肥）；混成复合肥（包括有机—无机复合肥）。因其施用省工，肥料接触土壤面小，肥效长，且含2～3种元素，十分有利椪柑生长。
4、微生物肥料
以特定的微生物菌种培养生产的含活的微生物的肥料。如根瘤菌（剂）肥料、固氮菌（剂）肥料、磷细菌（剂）肥料、抗生菌（剂）肥料等。
此外，随着椪柑产业和肥料工业的发展，微量元素肥料（微肥）有着重要的作用，有的椪柑园，微肥阻碍了生产和发展，如椪柑花而不实，主要是缺硼；红壤椪柑园缺锌，造成树势严重衰弱，落花落果；紫色土丘陵山地椪柑园普遍缺铁，出现植株黄化等，都需要施用针对性的微肥来解决。
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