微生物肥料是以特定微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，根据其对改善植物营养元素的不同，可分成根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、硅酸盐细菌肥料、复合微生物肥料等五类。由于微生物肥料符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入生产绿色食品允许使用的肥料。许多蔬菜生产试验研究也确实表明：微生物肥料具有增产、显著减少蔬菜体内硝酸盐及重金属含量、改善蔬菜营养品质、提高化肥利用率以及培肥地力等作用。因此，在当前无公害蔬菜生产的大潮中，微生物肥料理应为广大农民所重视。但目前，微生物肥料市场比较混乱，伪劣产品较多，加上微生物肥料在许多生产者中还是一个新生事物，使用易出现盲目性。因此在使用中要切实注意。
1、一定要选质量有保证的产品，即产品是经国家农业部检验登记并取得了生产许可证。实际选购时要注意此产品是否有严格的检测登记程序以及是否有农业部颁发的生产许可证(年限以1996年以后为准)。
2、注意在产品有效期内选用。产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的，若数量过少则会失效。因此，虽然一般微生物肥料标明有效期为1-2年，但最好选用当年产品。坚决放弃霉变或超过保存期的产品。
3、避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物。产品贮存环境温度应以15-28℃最佳，保证微生物在适宜温度范围内生长繁殖。
4、禁止与土壤杀菌剂或种衣剂混合使用，蔬菜作物的整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
5、通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态(即耕作层要求疏松、湿润)，保证土壤中能源物质和营养供应足，促使有益微生物的大量繁殖的旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。
6、各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。如，根瘤菌肥：适宜于中性微碱性土壤，多用于拌种。每667平方米用量15-25g，加适量水混匀后拌种。拌种时及拌种后要防止阳光直射，播后立即覆土。剩余种子放在20-25℃背阳光地方保存。若用农药消毒种子，要在拌种前2-3周拌药。固氮菌肥：特别适合叶菜类。作基肥应与有机肥配施，施后立即覆土。作追肥用水调成稀泥浆状，立即覆土。作种肥加适量水混匀后与种子混拌稍后即可播种。“5406”抗生菌肥：浸种或拌种每667用量500g；还可用菌肥7.5kg加入棉籽饼粉2.5-5kg，碎土500-1000kg，过磷酸钙5kg，地头拌匀，覆盖在种子上。施用时必须配施有机肥料和化学肥料，忌与硫铵、硝铵混用，但可交叉施用。磷细菌肥：拌种时随用随拌，不能和农药及生理酸性肥料施用。拌种量为1kg种子加菌肥0.5g和0.4g水。基肥用量每667平方米1.5-5kg，施后覆土。追肥宜在作物开花前施用。钾细菌肥：作基肥与有机肥混施，每667平方米用量10-20kg，施后覆土。拌种时加适量水制成悬液喷在种子上拌匀。蘸根时1kg菌肥加清水5kg，蘸后立即栽植，避免阳光直射。
7、对于不同蔬菜种类具体可采用不同使用方法，如茄果类、瓜菜类、甘蓝类等蔬菜，可用微生物菌剂2kg与667平方米育苗床土混匀后播种育苗，也可用微生物菌剂2kg/667平方米与农家肥或化肥混合后作底肥或追肥；西瓜、番茄、辣椒等需育苗移栽蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，深度10-15cm，每667平方米施入100kg，也可与有机肥、化肥配施，施用时避免与植株直接接触，在苗期、花期、果实膨大期进行适当追施氮肥和钾肥；芹菜、小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
另外需要注意的是，微生物肥料只是一种辅助增产肥料，不可代替化肥和有机肥，无公害蔬菜生产的施肥还应以有机肥为主。
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