抗虫棉并非不喷农药抗虫棉的抗虫性是有限度和有条件的，不是绝对不需施用农药，而是在异常年份较非抗虫棉施药次数减少一半以上。无论是Bt基因抗虫棉还是生理抗虫棉，在一般年份表现高抗虫性基本不要打药。在害虫异常暴发的年份，一定要适当喷施农药防治。对于棉蚜虫、螨虫等其它虫害施药不可忽视。
抗虫棉幼苗抗虫性弱抗虫棉在幼苗时期，特别是嫩苗发现虫害要及时用药治虫。在晚茬棉，如小麦茬棉要经常观察虫情，若不及时治虫易遭灭顶之灾，出现无头棉，难以高产。如江苏盐城市盐都区供销社庄稼医院试验田有两亩油菜茬棉。在一二代棉铃虫多发期没打药基本无虫害，而小麦茬棉没打农药，却出现了轻微的虫害。这说明幼苗抗虫性弱，应适当早种。
抗虫棉施药灭卵效果佳生理性抗虫棉在外部形态上与常规品种落卵量相近，但幼虫啃食后生长受阻，大部分死亡，但仍有部分虫生存。因此，在虫灾多发年份虫卵由青变白，再由白变黑时，用水胺硫磷或拉维因、杀卵净或卵虫净农药喷施一遍，效果很好。基因工程棉如“Bt泗棉三号”既可灭虫又除卵。但在大暴发虫灾时，仍需适当施用农药灭卵，否则成虫要吃一个棉铃或叶片才能死亡，故对棉铃有一定损伤。施用一遍农药灭卵、防虫高效又增产。
抗虫棉不抗臭鳖虫抗虫棉是针对抗棉铃虫而言，兼抗蚜虫。抗虫棉不能抗百虫。据悉，近几年来，臭鳖虫相继在安徽、山东、河南、江苏等省部分地区出现，对棉区为害较大，易造成棉株断头，抗虫棉也不例外。出现这种虫灾的棉田应及时用氧化乐果或久效磷农药用喷雾器滴心保顶，确保抗虫棉稳产、高产。
种植抗虫棉要克服思想上的麻痹性抗虫棉能抗虫但不等于种了抗虫棉就可不管不问，坐等收棉。这样虽不会绝收，但对产量会有一定的影响。除要进行常规的打杈等管理外，还要视情况用药。用药次数和药量上较一般棉田降低70％以上，表现特别好的品种用药量仅相当于一般非抗虫棉的10％，对防治棉铃虫有很大意义。总之，种植抗虫棉要因地制宜，适时用药，降低成本，以达到它的完善性，实现优质、高产、高效。
