适时扣棚山东等地韭菜植株营养回根期，一般在10月中下旬到11月中旬。当韭菜地上部完全凋萎后，要及时清理畦面，于12月上、中旬进行上膜扣棚。将覆盖薄膜拉紧，四周埋压牢固，再用压膜线或压杆等将薄膜进一步压紧，以增强防风能力。
扣棚后的温湿度调控管理扣棚后白天以阳光为热源提高棚内温度，夜间主要用塑料薄膜、草苫等覆盖物防寒、保温。棚内温度白天应保持在18℃~28℃，晚上8℃~12℃。扣棚初期和每次收割之后，为加速韭菜萌发和新株生长，棚温应稍高，可以达到30℃。收割前应降低温度，使叶片生长茁壮，可免倒伏、腐烂。温度的调节要通过草苫的揭盖和棚膜风口的开闭。扣棚后至收获前两茬韭菜期间，外界气温低，要晚揭早盖草帘，不放风或放小风。如生长过快，距预上市时间较长，应早揭晚盖苫，加大通风量，控制生长。反之，应提高棚温，可在夜间加盖双层苫，棚内加薄膜，风障或地面覆盖，甚至临时加火增温，促使韭菜快长。阴雪天可不揭草帘，若连续阴雪3~4天，棚内处于湿冷状态，易沤根，应在中午外温稍高时，揭开部分草帘和薄膜排除湿气。棚内的相对湿度尽量不要超过65%，以防韭菜灰霉病的发生。收割前可适当降低温度。开春后随着外界气温的升高，应逐渐加大通风量，并逐渐撤除覆盖物，最后改为露地生长。
科学施肥扣棚后待土壤化冻，在韭菜行间连续划锄2~3次。要进行培土1~2次以防多年生韭菜跳根而引起新根外露。每一刀韭菜培土软化应随植株生长分批次进行，将行间表土培于株丛根际周围。
合理浇水一般在扣棚前结合灌冬水进行追肥，扣棚后收第二刀韭菜前不浇水追肥。扣棚前，如肥水不足，植株长势弱，在收1~2刀后，应适量追肥和浇水。每次浇水后要及时中耕，并通风排湿，降低棚内的空气湿度。
适时收割设施栽培韭菜的一般方式是将“回根”后的韭菜初冬进行覆盖，一般需经45~52天才能收获第一茬，山东地区约在1月中旬到2月上旬收割第一刀。一年生根茬收3刀，二年生根茬可收4刀。头茬收割前不浇水，收时留茬宜高些（留4~5厘米）。每收一茬后，要把韭菜挠一遍，锄划松，前一周密闭棚不放风，待长到8~10厘米高时放风，并结合浇水每667平方米追尿素10千克，一般二茬生长25天左右，三茬20天。
防治病虫害大棚韭菜生长期间，由于棚内湿度大，容易发生灰霉病，可用50%的速光灵可湿性粉剂1000~1500倍液，或75%百菌清600倍液，或90%灰霉灵500倍液，或50%扑海因1000~1300倍液喷雾防治。一般每隔7~10天喷1次，连喷2~3次。钻心虫可用氧化乐果喷洒韭菜心叶防治；韭菜地蛆用90%晶体敌百虫800~1000倍液喷雾或灌根，或用2.5%敌杀死乳油4000倍液喷于根际附近地面防治。
撤膜后的管理当外界气温回升到12℃以上时即可撤去棚膜。一般在撤膜前收3刀韭菜，撤膜后不再收割。撤棚后的管理基本上与韭菜的露地栽培相同。若生长势强，撤膜后改为露地栽培，还可收1~2刀，弱的一般不再收，转为养根。
