花卉在播种育苗前需对营养土进行消毒，通过消毒可抑制病菌发生，消灭土壤害虫，确保幼苗在生长发育过程中健壮成长。
完全消毒法所有的营养土全部消毒。将甲醛、氯化苦等药剂加入到土壤里密闭熏蒸，不但能杀死土壤里的病菌，还能杀死土壤里的线虫、草籽等，但同时也杀灭了土壤里的有益微生物，应在土传病虫害特别严重时采用该方法。
铺盖药土法在花卉播种前将覆土和金雷多米尔混合均匀，用量为每平方米营养土加金雷多米尔5至7克。然后将三分之一的药土铺到苗床上，剩余的三分之二药土均匀覆盖到种子上。对花卉幼苗期常见的立枯病、猝倒病等有较好的防治效果。
福尔马林消毒法每1000公斤营养土，用40％的福尔马林250克，兑水60公斤喷洒搅拌均匀后堆放，用塑料薄膜覆盖24小时，揭开薄膜10至15天即可播种。此法适用于小粒花卉种子的播种。
多菌灵消毒法每平方米苗床用50％的多菌灵8至10克与适量细土混匀。取其中的三分之二撒于床面做垫土，另外三分之一于播种后混入覆土中。此法能够迅速杀灭土壤中的病原微生物，促进花卉种子发芽，提高整齐度。
敌克松消毒法用70％的敌克松药粉0.5公斤拌细土20公斤，混匀后撒在营养土表面，播种后按种子直径的大小覆土。此法防治花卉苗期猝倒病效果显著。
瑞毒霉消毒法用25％的瑞毒霉50克兑水50公斤，混匀后喷洒营养土1000公斤，边喷洒边搅拌均匀，堆积1小时后摊在苗床上即可播种。此法适用于防治花卉炭疽病、立枯病、猝倒病。
波尔多液消毒法每平方米营养土用等量式（硫酸铜∶石灰∶水的比例为1∶1∶100）波尔多液2.5公斤，加赛力散10克喷洒土壤，待土壤稍干即可播种扦插。对防治花卉黑斑病、锈病、褐斑病、炭疽病效果明显。
代森铵消毒法代森铵杀菌力强，能渗入植物体内，在植物体内分解后还有一定肥效。用50％水溶代森铵350倍液，每平方米苗圃土壤浇灌3公斤稀释液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病等多种病害。
五氯硝基苯消毒法每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森锌5克，混合后，再与12公斤细土拌匀。播种时下垫上盖，防治花卉炭疽病、立枯病、猝倒病等有较好的效果。
