1、菌种选择不当：错误地将在段木上栽培表现良好的菌株，不经过适应性和抗霉性试验，盲目地应用于袋料黑木耳上。
2、季节安排不当：一是春栽黑木耳接种期安排过迟或秋栽黑木耳接种期安排过早，养菌期间超温，高温高湿条件下各种杂菌趁机感染。二是秋栽黑木耳栽培季节安排过迟或春栽黑木耳接种期安排过早，发菌期间气温低于20℃，发菌缓慢，引起杂菌感染，导致菌棒腐烂。
3、养菌期间管理不当：发菌前期室温较低；发菌后期气温升高，没有及时通风降温；发菌期间通风不良，使菌丝活力下降，引起杂菌感染。
4、耳棚未清理干净或靠近污染源：生产中使用旧耳棚，耳棚未清理干净或未经过消毒；有的耳棚直接靠近污染源或使用了被污染的水，引起菌棒腐烂。
5、出耳期间水分管理不当。
6、采耳过晚。
采取的对策
1、选好菌种：选择菌龄在35天~45天，发菌良好、菌丝洁白，生长粗壮，抗杂性强、产量高、耳片大、肥厚、颜色深的黑木耳菌种。
2、科学安排栽培季节：黑木耳栽培分春栽和秋栽，秋栽接种期一般安排在8月~9月，当气温低于30℃时接种，春栽接种期一般安排在旬平均气温上升到20℃往前推60天~65天接种，不同地区应根据海拔高度不同适当提前或推后。
3、适温养菌：黑木耳菌丝在发菌阶段需在完全黑暗的条件下进行，发菌温度在5℃~36℃之间，最适温度为24℃~28℃，秋栽黑木耳在发菌的前期和春栽黑木耳在发菌的后期，当气温超过25℃时，每天至少应给培养室通风2次~3次，且晴天通风须在早晚进行。另外春栽黑木耳在发菌前期，当气温低于20℃时，应给培养室加温，使培养室温度达到22℃~24℃。
4、管理科学：黑木耳在不同的生长阶段对温、湿度和通风的要求是不同的，在木耳原基形成期，保持相对湿度在80%%左右，并适度通风；在原基分化形成期，珊瑚状耳芽相当幼嫩，保持相对湿度80%%~90%%，此时如果湿度过大，应立即停止喷水3―5天，耳基稍干后再浇水，在子实体生长阶段，为促进耳片快速生长，要坚持三干七湿的原则，加大通风，干湿分明，相对湿度保持在90%%~95%%之间。
5、适时采收：当子实体耳片充分展开，边缘变薄，耳根收缩、八分成熟时采收。采收时一手握住菌棒，一手捏住耳根，轻轻旋转，不能在菌棒上留有耳蒂，以免引起杂菌感染
