辣椒病虫害繁多，其中主要的有辣椒疫病、青枯病、叶枯病、猝倒病、病毒病、白粉病、软腐病、炭疽病、烟青虫、蚜虫、茶黄螨、小地老虎等10多种。辣椒被害后不仅产量损失10--20％，严重时损失30--40％，甚至绝收，而且整个生育期多种病虫可能同时或先后发生；当栽培条件、环境因素发生变化，病虫格局亦相应发生变化。因此，在药剂防治工作中，不能墨守陈规，必须纵观全局，病虫兼治，预防为主，分期施用。
1．土壤消毒播种前，每平方米可用70％敌克松2．5克拌土撒施，进行土壤消毒；若出现猝倒病，可用70％甲基托布津200倍液进行喷洒。
2．假植返苗后可用2．8％克病灵、25％甲霜灵或20％速灭杀丁800倍液喷雾，预防疫病、蚜虫、病毒病和小地老虎等。
3．移栽时可分别利用2．8％克病灵800倍液、3％广枯灵500倍液或2．5％功夫1000倍液泼浇营养钵，预防枯萎病、黄萎病、病毒病、蚜虫及其他病虫。
4．6月初用58％甲霜灵锰锌500倍液，2．5％功夫800倍液喷雾进一步预防疫病和其他病虫；6月下旬2％菌克毒克200倍液、或大功臣1000倍液喷雾，预防茶黄螨和病毒病，杜绝20％三氯东螨醇等残留农药在辣椒上的应用。
5．7月初用2％菌克毒克200倍液、24．5％绿维虫螨1500倍液喷施，防治茶黄螨和病毒病等。7月上、中旬之交，可用2％菌克毒克200倍液、或1．8％集琦螨克1000倍液喷雾，防治茶黄螨、病毒病等；7月20日左右，再用2％菌克毒克200倍液、24．5％绿维虫螨或1．8％集琦螨克1500 倍液喷雾，防治茶黄螨、病毒病等。
6．7月底或8月初，用8％风雷散1500倍液或25％辣椒抗枯灵500倍液喷雾，防治茶黄螨和炭疽病等。
此外，每亩分次将70％敌克松冲于粪水中淋浇(根)，防治辣椒茎基部和根部各种病害，第一次用100克／亩，第二次用150克／亩，第三次用250克／亩。
