杀菌剂是对病原生物具有毒杀作用的化学物质，可用于防治真菌、细菌、病毒、线虫等引起的病害。菌剂使用技术的要求高于杀虫剂，所以掌握起来难度比较大。要从提高经济效益，减少公害的角度来采取正确的策略，决定用药的原则，要求选用最便宜的有效品种、采用较低使用剂量、减少施药次数、使用最简便的施药方法。
1、使用浓度 用液剂喷雾时，往往需用水将药剂配成或稀释成适当的浓度，浓度过高会造成药害和浪费，浓度过低则无效。有些非可湿性的或难于湿润的粉剂，应先加入少许，将药粉调成糊状，然后再加水配制，也可以在配制时添加一些湿润剂。
2、喷药时间 喷药的时间过早会造成浪费或降低防效，过迟则大量病原物已经侵入寄主，即使喷内吸治疗剂，也收获不大，应根据发病规律和当时情况或根据短期预测及时把在没有发病或刚刚发病时就喷药保护。
3、喷药次数 喷药次数主要根据药剂残效期的长短和气象条件来确定，一般隔10—15天喷一次，共喷2—3次，雨后补喷，应考虑成本，节约用药。
4、喷药质量 喷药量要适宜，过少就不能对植株各部都周密地加以保护，过多则浪费甚至造成药害，喷药要求雾点细，喷得均匀，对植物应保护的各部包括叶片的正面和反面都要喷到。
5、药害问题 喷药对植物造成药害有多种原因，水溶性较强的药剂容易发生药害，不同作物对药剂的敏感性也不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物也可以产生药害。豆类、马铃薯、棉花则对石硫合剂敏感。作物的不同发育阶级对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。另外与气象条件也有关系，一般以气温和日照的影响较为明显，高温、日照强烈或雾重、高湿都容易引起药害。
6、如何混用 一般遇碱性物质易分解失效的农药，不能与碱性物质混用。例如，碱性杀菌剂如波尔多液、石硫合剂等不能和1605、乐果、敌敌畏等混合使用。混合后产生化学反应能引起药害的药剂也不能混合施用。有少数农药混合后起增效作用。例如，乐果中性和酸性杀菌性如代森锌、可湿性硫磺、胶体硫等混用，药效不仅不受影响，反而略有提高。
7、抗药性问题 长期使用单一的药剂（主要是内吸杀菌剂），就会导致病原物产生抗药性，使所用的药剂失效。为避免这一问题，可交替使用不同类型的药剂，或内吸性杀菌剂和传统性杀菌剂混合使用。
