我国的生物农药发展到现在，将面临更多挑战，这些挑战概括起来包括一下两个方面：
1.面对化学农药市场强劲的挑战
化学农药问世半个多世纪以来，以其对农作物病虫草鼠害防治的速效、高效、防治较彻底，相对直观经济效益高而风靡全世界。化学农药在保护农作物减少受病、虫、草、鼠为害成灾损失上发挥了巨大作用，其功不可没。在农民的心目中形成根深蒂固的“农药万能”概念，现阶段农村留守种田的农民，普遍素质较低，缺乏科学用药知识，农民对害虫的防治偏向“治早、治少、治了”甚至有虫无虫治三遍也就放心了，为迎合农民的这种心理，我国杀虫剂中即使有一定选择性，对天敌较安全的商品也要冠以“虫螨光”、“一遍净”、“除虫尽”等销路才会畅通。仅从淘汰甲胺磷杀虫剂的艰难步履可见一斑，甲胺磷是国内农民普遍习惯使用的常规农药品种，不少农民无论防治什么，都要加点甲胺磷才放心。
20世纪90年代以来，对淘汰甲胺磷等高毒农药品种日益受到各方面的关注，但全国产量却在波动中上升，甲胺磷产量于1996年首次突破7万吨后又在回落中上升，1999产量再次超过7万吨。农化工业基础较好，在当前农作物病虫、草、鼠害防治仍以化学防治起主导作用的情况下，农化工业及时调整战略，充分利用高新技术--先进的化学合成技术研究开发新品种，顺应形势要求调整农药产品结构，进一步提高农药工业的科技含量，对市场仍有强劲的竞争力。生物农药要赢得市场份额，击退或挤占化学农药市场付出的将是十分艰辛而巨大的，挑战是严峻的，可谓是任重道远。
2.面对国际市场激烈竞争的挑战
可持续植物保护技术对农药性能的要求愈来愈高，品种的淘汰进度加快，近年来，化学农药以每年2%左右的比例下降，而生物农药却以20%的速度递增，生物农药在产品开发方面有明显的优势。所以，世界各国都竟相投巨资研究和开发生物农药。
我国也把生物农药的研制和开发列为国家重点科技攻关和高科技发展计划。然而，应当清醒地看到，目前我国生物农药的研制基础仍较薄弱，虽然近年来有了较大发展，但在基础研究、产品开发、生产管理、质量控制、市场流通等环节还不相适应，在国际市场竞争中还处于相对弱势，与农药生产大国的地位极不相称。因此，生物农药发展面临国际市场竞争挑战的巨大压力。
