目前除草剂在农作物种植上应用广泛，而在食用菌生产上应用较少，目前只有地栽黑木耳、地栽香菇等选用除草剂防治地面杂草。尽管这样，也有食用菌在不同程度上受到除草剂的药害。食用菌生产场地位于室外空闲田地之间，不同的食用菌种类影响程度不同，食用菌出菇期与除草剂喷洒期重叠则受害严重，尤其是室外自然条件下出菇（耳、芝）的食用菌影响更大。除草剂除草原理为抑制植物脂肪酸、氨基酸或蛋白质合成，抑制植物生长发育，导致杂草死亡。而食用菌属于生物，一旦除草剂喷洒到食用菌培养料或子实体上，均可抑制食用菌菌丝生长和子实体发育，所以产生药害。目前所有的食用菌都可遭受除草剂的药害，预防食用菌产生除草剂药害的方法是：首先在食用菌栽培场所选地时，避免在农田间建造食用菌出菇棚；其次将出菇期与除草剂喷洒期错开；第三是将药害较轻的食用菌喷洒“植物动力”等植物生长调节剂，减轻除草剂药害，药害严重的则将子实体采下，进行下潮菇管理。
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