一、普通冻藏法需要进行冷藏的菠菜一般是夜晚地面上冻，中午又能化冻时采收。采收时带约1.6厘米长的根，抖净泥土，整理捆把，每捆２公斤左右， 放在阴凉处晾掉露水，并使菜体发凉，待天气转冷时冻藏。贮藏场地应选在遮阴处，整平地面，挖宽深各3.5厘米的若干条沟，沟间距１０厘米～１５厘米，将菠菜根朝下摆放入沟，总厚度为２５厘米左右。 到严寒季节可在上面再加盖草苫子等,保持沟内温度为－８℃～－５℃。
二、通风沟冻藏法为克服普通冻藏法不能调节温度的缺陷,可采用通风沟冻藏法。沟宽１.５米，深０.５米，顺沟底挖２条宽２５厘米左右的通风道， 通风道两头相通，通风用架杆横铺一层， 将菠菜捆摆在架杆上，覆土与普通冻藏相同。天暖时利用通风道交换外界冷空气，天气转冷后用草把堵塞通风道， 开春天气转暖后再逐渐打开。
三、暖贮藏法挖宽７５厘米、 深６０厘米的沟，立冬至小雪间起菜，随即将菠菜根朝下摆放沟内，盖上一层甘兰叶，沟顶盖草苫。之后随天气变冷盖草苫， 使沟内保持０℃～２℃。
四、地上冻藏法在收获前５天～６天， 把菠菜场地整平，泼一层水，以保证表土不解冻为宜。贮菜时，先撒些菜叶或树叶铺底， 然后把菠菜一捆挨一捆地摆在上面，再在菜的四周用菜叶或树叶盖好， 约有１０厘米～１２厘米即可。当菠菜内部冻结时， 再在上面盖１０厘米厚半干湿的沙子，以防叶子失水过多，造成损失。
五、合畦冻藏法选好菠菜生长健壮的地块及合畦冻藏组合，每个组合三畦，其中左一畦和右一畦为起菜畦，中间一畦为冻藏畦。冻藏前， 先用铁锨把冻藏畦菠菜全铲断根系，其深度以入土１．５厘米为宜， 全铲时不要弄乱菜株。同种方法，把左右两畦的菠菜铲起，扣盖在中间的冻藏畦上，叶部朝下，根部向上， ３个畦子的菠菜合成１畦，贮藏当天，将合畦表面用土埋严， 轻拍，使菠菜上下层之间密合，防止寒风进入， 气温过低时，再盖一层７厘米～１０厘米厚的细土，利用此法可贮到翌年春分。
六、气调冷藏法菜入库前每立方米用１５克硫磺点燃熏蒸库房，封闭２４小时～２６小时消毒，放烟后将库温降至－２℃左右。将带２厘米长根， 一斤一捆的菠菜分层摆在架上， 在菜温与库温达到平衡时装入规格为１００厘米×８０厘米的塑料袋中，并扎紧袋口。 一般每袋装１０公斤～１３公斤，库内温度控制在－１℃～０℃，湿度控制在９５％， 如袋内有水则应加生石灰吸潮。封袋后靠自然降氧。 当袋内二氧化碳分压达到６％时开袋放风，给全氧，使氧分压达到１８％～２１％，然后再封闭，一周后袋内二氧化碳又升至５％～６％，再开袋放风。这样反复进行直到贮存结束。
